More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3124 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3124  short chain dehydrogenase  100 
 
 
262 aa  536  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2037  short chain dehydrogenase  87.02 
 
 
262 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00988022  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2259  short chain dehydrogenase  87.4 
 
 
262 aa  454  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0792422  normal  0.0451006 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2397  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  65.22 
 
 
254 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0465114  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
251 aa  204  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.14 
 
 
257 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
257 aa  191  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.34144  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  40.48 
 
 
255 aa  188  7e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
257 aa  187  1e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000368197  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
255 aa  185  6e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
256 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.108685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
258 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143319  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 
257 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
257 aa  177  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.199732  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.150517  normal  0.215397 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.84 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
255 aa  171  7.999999999999999e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  40 
 
 
257 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 
255 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
255 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
256 aa  169  5e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29820  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.46 
 
 
261 aa  168  7e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
257 aa  167  1e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  40.55 
 
 
258 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  37.97 
 
 
265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2363  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.76 
 
 
254 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
251 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  166  5e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
257 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563434  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
254 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.824888  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1513  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  42.35 
 
 
277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.729699 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
264 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  42.8 
 
 
277 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0293  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
257 aa  160  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
253 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.044107  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
254 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
254 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
253 aa  160  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
257 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
257 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.242227  normal  0.57964 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 
254 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
254 aa  160  3e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
255 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_65696  D-arabinitol 2-dehydrogenase [ribulose forming] (ARDH)  38.43 
 
 
278 aa  160  3e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
259 aa  159  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5289  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
263 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0559291  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
257 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  158  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 
259 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  40.15 
 
 
254 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02177  short chain dehydrogenase/oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15740)  38.55 
 
 
337 aa  157  2e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.186122 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6365  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
263 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.54288  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
260 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.7 
 
 
251 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
246 aa  156  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
239 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
246 aa  155  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
255 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
250 aa  153  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
258 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
258 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.13 
 
 
253 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
258 aa  153  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 
260 aa  153  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  39.44 
 
 
249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.19 
 
 
254 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2818  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 
256 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2791  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 
256 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.298424  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.4 
 
 
253 aa  152  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2835  short chain dehydrogenase  41.2 
 
 
256 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
249 aa  151  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0428484  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.91 
 
 
255 aa  151  8.999999999999999e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.8 
 
 
255 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.67 
 
 
252 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.01 
 
 
253 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
252 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.15 
 
 
262 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
256 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.346824  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE00130  conserved hypothetical protein  38.1 
 
 
302 aa  150  2e-35  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
253 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.246968  normal  0.169503 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
255 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
254 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
254 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_38255  peroxisomal 2,4- dienoyl-CoA reductase, and sorbitol utilization protein  35.8 
 
 
282 aa  150  2e-35  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
253 aa  149  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 
256 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
247 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
248 aa  149  4e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 
256 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>