More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4081 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  65.14 
 
 		 517 aa  655    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4229  AMP-dependent synthetase and ligase  89.17 
 
 		 512 aa  897    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1350  AMP-dependent synthetase and ligase  73.43 
 
 		 507 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4081  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 512 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  83.01 
 
 		 512 aa  894    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1405  AMP-dependent synthetase and ligase  62.87 
 
 		 514 aa  621  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1913  AMP-dependent synthetase and ligase  58.76 
 
 		 515 aa  596  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4884  AMP-dependent synthetase and ligase  60.83 
 
 		 510 aa  578  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0220  AMP-dependent synthetase and ligase  58.6 
 
 		 510 aa  571  1.0000000000000001e-162  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0115  AMP-dependent synthetase and ligase  55.34 
 
 		 526 aa  551  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0098  AMP-dependent synthetase and ligase  54.6 
 
 		 522 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.690806  normal  0.913632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0209  AMP-dependent synthetase and ligase  54.95 
 
 		 526 aa  535  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0868  AMP-dependent synthetase and ligase  55.11 
 
 		 534 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4859  AMP-dependent synthetase and ligase  49.11 
 
 		 512 aa  474  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  38.11 
 
 		 511 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  36.96 
 
 		 511 aa  312  6.999999999999999e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  38.6 
 
 		 509 aa  301  3e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.179395  normal  0.194105 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0516  putative AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 523 aa  301  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0286  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 530 aa  293  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.86 
 
 		 530 aa  265  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.01 
 
 		 519 aa  265  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 		 508 aa  257  4e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 513 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 		 493 aa  254  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 514 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 511 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.03 
 
 		 525 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.96 
 
 		 525 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 		 526 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.1 
 
 		 520 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 503 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 525 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.94 
 
 		 509 aa  243  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 521 aa  240  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 526 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 583 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 1043 aa  239  9e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 518 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 525 aa  238  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 509 aa  239  1e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 		 521 aa  237  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 565 aa  237  4e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 508 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.24 
 
 		 514 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 499 aa  236  9e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 525 aa  236  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 520 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.91 
 
 		 543 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 508 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  32 
 
 		 531 aa  234  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 540 aa  234  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 		 514 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 556 aa  232  9e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 556 aa  232  9e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.93 
 
 		 556 aa  232  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.62 
 
 		 527 aa  232  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  31.15 
 
 		 492 aa  231  2e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 509 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  30.16 
 
 		 523 aa  232  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 511 aa  231  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 532 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  31.53 
 
 		 504 aa  229  6e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 523 aa  229  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 		 508 aa  229  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 516 aa  229  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 518 aa  229  9e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  33.54 
 
 		 508 aa  229  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.48 
 
 		 519 aa  229  1e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 516 aa  229  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  32.02 
 
 		 514 aa  228  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  31.87 
 
 		 515 aa  228  2e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.16 
 
 		 525 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.35 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 520 aa  228  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.53 
 
 		 506 aa  228  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.72 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  31.14 
 
 		 496 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  31.34 
 
 		 496 aa  227  4e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  31.34 
 
 		 496 aa  227  4e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.93 
 
 		 491 aa  227  4e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 		 511 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.72 
 
 		 514 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 577 aa  226  7e-58  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 512 aa  226  9e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 528 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 507 aa  226  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  30.6 
 
 		 496 aa  226  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 582 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.53 
 
 		 552 aa  226  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 517 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  31.52 
 
 		 537 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  31.52 
 
 		 537 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 517 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  31.52 
 
 		 537 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>