191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1942 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1942  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 
143 aa  294  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0211559  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3517  Fe-S metabolism associated SufE  89.44 
 
 
142 aa  269  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0960536  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  85.92 
 
 
142 aa  259  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1777  Fe-S metabolism associated SufE  80.28 
 
 
164 aa  243  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0862185  normal  0.039925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3043  putative sufE-like protein  78.87 
 
 
141 aa  231  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2223  Fe-S metabolism associated SufE  75.38 
 
 
142 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416471  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2625  Fe-S metabolism associated SufE  74.22 
 
 
142 aa  206  7e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0386264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5927  hypothetical protein  67.19 
 
 
151 aa  184  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0877  Fe-S metabolism associated SufE  56.03 
 
 
141 aa  168  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264737  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1672  Fe-S metabolism associated SufE  54.93 
 
 
142 aa  168  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.398454 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1641  Fe-S metabolism associated SufE  57.14 
 
 
141 aa  166  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.234613  normal  0.31626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  55.32 
 
 
139 aa  164  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  58.65 
 
 
141 aa  162  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  58.65 
 
 
141 aa  162  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0615  Fe-S metabolism associated SufE  54.61 
 
 
140 aa  162  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  53.9 
 
 
140 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  56.39 
 
 
141 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  55.73 
 
 
140 aa  155  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4443  Fe-S metabolism associated SufE  54.55 
 
 
140 aa  154  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.168146  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  53.44 
 
 
140 aa  153  8e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0424  cysteine desulfuration protein SufE  53.73 
 
 
135 aa  151  2.9999999999999998e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.617411  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0875  Fe-S metabolism associated SufE  49.29 
 
 
144 aa  147  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0629601  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4178  Fe-S metabolism associated SufE  48.92 
 
 
142 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259445  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  51.13 
 
 
141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  51.52 
 
 
139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1236  Fe-S metabolism associated SufE  50.38 
 
 
141 aa  130  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0210251 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0435  Fe-S metabolism associated SufE  44.7 
 
 
142 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.666183 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3070  Fe-S metabolism associated SufE  44.6 
 
 
142 aa  125  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0469  Fe-S metabolism associated SufE  44.7 
 
 
142 aa  124  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.19684 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4957  Fe-S metabolism associated SufE  46.21 
 
 
142 aa  124  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000286277 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1472  cysteine desulfuration protein SufE  44.68 
 
 
140 aa  124  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1973  SufE protein  45.32 
 
 
142 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0681  Fe-S metabolism associated SufE  45.32 
 
 
142 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1069  Fe-S metabolism associated SufE  43.17 
 
 
164 aa  122  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.801847  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  46.62 
 
 
135 aa  120  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  45.07 
 
 
139 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  42.86 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0506  Fe-S metabolism associated SufE  43.18 
 
 
137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0176221 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3117  cysteine desulfuration protein CsdE  40 
 
 
147 aa  117  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000246129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  43.08 
 
 
152 aa  116  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1840  Fe-S metabolism associated SufE  43.48 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.757057  normal  0.0307633 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2952  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.23 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0280562  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02662  predicted Fe-S metabolism protein  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0877  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.721288  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02623  hypothetical protein  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4076  cysteine desulfuration protein CsdE  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0951499  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0901  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2955  cysteine desulfuration protein CsdE  39.23 
 
 
147 aa  114  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000740943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3059  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.23 
 
 
147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00674257  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  40.88 
 
 
147 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  42.31 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  43.08 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04475  hypothetical protein  41.98 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1625  Fe-S metabolism associated SufE  42.11 
 
 
147 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00154018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  40.46 
 
 
144 aa  111  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  44.44 
 
 
136 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5783  Fe-S metabolism associated SufE  39.26 
 
 
142 aa  110  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.131653  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3131  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.71 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0738734  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3211  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.71 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.416029  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3196  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.71 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.78287  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3148  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.71 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1176  Fe-S metabolism associated SufE  43.51 
 
 
141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3311  chain A, Northeast Structural Genomic Consortium Target Er75  38.97 
 
 
147 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299336  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  41.04 
 
 
142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1699  cysteine desufuration protein SufE  42.86 
 
 
148 aa  108  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000746018  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3036  Fe-S metabolism associated SufE  40.94 
 
 
147 aa  107  6e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.011002 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  36.43 
 
 
148 aa  107  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0974  sufE protein  40.29 
 
 
141 aa  105  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0228427  normal  0.828222 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  40.46 
 
 
142 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  34.35 
 
 
146 aa  104  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  34.35 
 
 
146 aa  104  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  34.35 
 
 
146 aa  104  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1852  cysteine desufuration protein SufE  39.06 
 
 
140 aa  104  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000534736  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2589  cysteine desufuration protein SufE  39.06 
 
 
140 aa  104  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.403656  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3351  Fe-S metabolism associated SufE  38.17 
 
 
148 aa  103  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1746  cysteine desufuration protein SufE  39.06 
 
 
140 aa  103  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133663  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2184  cysteine desufuration protein SufE  38.93 
 
 
137 aa  103  9e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000219554  hitchhiker  0.00000283333 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  43.48 
 
 
145 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3808  Fe-S metabolism associated SufE  38.17 
 
 
144 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000105316  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0938  Fe-S metabolism associated SufE  37.06 
 
 
139 aa  102  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00125991  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  37.5 
 
 
136 aa  101  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0924  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.17 
 
 
151 aa  100  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0457641  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3084  Fe-S metabolism associated SufE  41.98 
 
 
150 aa  100  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0119204 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1765  cysteine desufuration protein SufE  36.64 
 
 
138 aa  100  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000206434  hitchhiker  0.0000210323 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1199  Fe-S metabolism associated SufE  39.53 
 
 
145 aa  99.8  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.42 
 
 
151 aa  98.2  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  40 
 
 
144 aa  98.6  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0725  Fe-S metabolism associated SufE  42.86 
 
 
145 aa  98.2  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0310  hypothetical protein  38.35 
 
 
146 aa  97.4  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.507041  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3181  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.02 
 
 
147 aa  95.5  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1350  Fe-S metabolism associated SufE  38.64 
 
 
141 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.590476  unclonable  0.00000000000311985 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0280  Fe-S metabolism associated SufE  37.12 
 
 
146 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0163  Fe-S metabolism associated SufE  38.46 
 
 
147 aa  94  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000342799  unclonable  8.26296e-16 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0461  cysteine desufuration protein SufE  35.71 
 
 
144 aa  93.6  8e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2158  hypothetical protein  34.53 
 
 
141 aa  93.2  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00356  SufE protein probably involved in Fe-S center assembly  37.3 
 
 
145 aa  92.4  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.118758  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01648  cysteine desufuration protein SufE  36.44 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000768854  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1952  cysteine desufuration protein SufE  36.44 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000146804  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1760  cysteine desufuration protein SufE  36.44 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01638  hypothetical protein  36.44 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000509918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>