More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3138 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3138  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
296 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.20157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2566  transcriptional regulator, LysR family  92.52 
 
 
297 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3495  LysR family transcriptional regulator  86.78 
 
 
296 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.222915  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4287  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 
295 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0108565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4210  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 
294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0331474  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4109  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 
323 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4166  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 
318 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.949115  normal  0.20425 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2334  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
318 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
302 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
317 aa  153  4e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0291  transcriptional regulator  37.27 
 
 
297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
306 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
303 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
303 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
294 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.99 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
303 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 
303 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.51 
 
 
303 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 
303 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
305 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.82 
 
 
304 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
295 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
311 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 
303 aa  123  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
294 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2639  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 
292 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1986  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
304 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.412407  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
305 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
304 aa  122  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.31 
 
 
303 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
306 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.97 
 
 
303 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 
306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 
294 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
297 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 
312 aa  119  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
307 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.79 
 
 
305 aa  119  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
299 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.48 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3605  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
312 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.245309  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.25 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0579  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
305 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3988  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
297 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3505  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
297 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4493  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3860  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
306 aa  115  8.999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2861  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147603  normal  0.198863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.87 
 
 
306 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0093  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670224  normal  0.484811 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.55 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
318 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  28.52 
 
 
306 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0753  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83959  normal  0.312946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
293 aa  112  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
308 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 
311 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
311 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>