More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0248 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
340 aa  706    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.96 
 
 
357 aa  545  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  75 
 
 
340 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0651  NAD-dependent epimerase  76.79 
 
 
344 aa  529  1e-149  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.562081  normal  0.641737 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  73.37 
 
 
340 aa  526  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  71.85 
 
 
344 aa  514  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0827968  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.45 
 
 
343 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.4 
 
 
342 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3996  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.31 
 
 
369 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  67.46 
 
 
343 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.76 
 
 
342 aa  490  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  64.76 
 
 
377 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  63.51 
 
 
367 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  64.71 
 
 
341 aa  474  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.71 
 
 
342 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.91 
 
 
350 aa  464  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.95 
 
 
341 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.71 
 
 
340 aa  461  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.06 
 
 
362 aa  462  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.73 
 
 
339 aa  448  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.54 
 
 
343 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3358  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.18 
 
 
342 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.33 
 
 
343 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.69 
 
 
368 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.27 
 
 
341 aa  394  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.18 
 
 
327 aa  389  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.35 
 
 
335 aa  359  4e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  45.4 
 
 
319 aa  286  5e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.86 
 
 
313 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.03 
 
 
314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.65 
 
 
313 aa  265  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.01 
 
 
322 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.69 
 
 
304 aa  263  4e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.11 
 
 
312 aa  261  8.999999999999999e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.36 
 
 
311 aa  255  7e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.38 
 
 
309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.08 
 
 
310 aa  253  5.000000000000001e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  42.11 
 
 
308 aa  250  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.56 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
321 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
321 aa  209  4e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
308 aa  209  8e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  41.5 
 
 
298 aa  207  3e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.94 
 
 
325 aa  206  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.8 
 
 
388 aa  203  3e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36 
 
 
313 aa  202  6e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.01 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.51 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
309 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
327 aa  194  1e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.85 
 
 
318 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
309 aa  191  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
309 aa  191  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
316 aa  189  7e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.39 
 
 
306 aa  188  1e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.2 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
316 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
308 aa  180  4e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
328 aa  179  4.999999999999999e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
316 aa  179  7e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.76 
 
 
311 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
292 aa  176  3e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.15 
 
 
323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
328 aa  172  5e-42  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.85 
 
 
316 aa  172  7.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1225  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
304 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 
309 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.56 
 
 
310 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
324 aa  170  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
299 aa  169  5e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.13 
 
 
330 aa  169  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.25 
 
 
309 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.78 
 
 
306 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
342 aa  168  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  33.75 
 
 
326 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
310 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0496  UDP-glucuronate 5'-epimerase  34.05 
 
 
325 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.96 
 
 
329 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.03 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.58 
 
 
296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.73 
 
 
322 aa  166  5e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.09 
 
 
318 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 
331 aa  165  9e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.03 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.22 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  31.75 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  31.75 
 
 
335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.44 
 
 
292 aa  164  3e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  32.05 
 
 
334 aa  162  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
310 aa  162  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.99 
 
 
314 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>