More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0553 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0553  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
294 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.15699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0545  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  97.28 
 
 
308 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0500  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  96.94 
 
 
294 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0535  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  96.6 
 
 
294 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5031  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  88.44 
 
 
294 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4476  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  87.03 
 
 
294 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0677  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  86.6 
 
 
292 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1032  hypothetical protein  80.41 
 
 
292 aa  484  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11250  hypothetical protein  80.55 
 
 
294 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3875  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  80.61 
 
 
294 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.400709  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06570  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  74.91 
 
 
292 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.14 
 
 
294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  27.8 
 
 
294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.28 
 
 
291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.53 
 
 
291 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3501  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.27 
 
 
299 aa  116  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.42914 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.72 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.59 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.98 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2379  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.14 
 
 
290 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.502871  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.72 
 
 
301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3502  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.08 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4188  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30 
 
 
291 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
294 aa  106  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.47 
 
 
294 aa  105  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.46 
 
 
294 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.14 
 
 
291 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3546  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.95 
 
 
299 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.61 
 
 
288 aa  103  4e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.28 
 
 
296 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
295 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.59 
 
 
286 aa  102  6e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.99 
 
 
291 aa  102  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.18 
 
 
277 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.35 
 
 
288 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.15 
 
 
290 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.8 
 
 
294 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.1 
 
 
285 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.65 
 
 
287 aa  98.2  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.82 
 
 
298 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.68 
 
 
281 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.86 
 
 
295 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.27 
 
 
301 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.38 
 
 
298 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.37 
 
 
295 aa  93.6  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.69 
 
 
292 aa  94  3e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.03 
 
 
280 aa  93.2  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.03 
 
 
284 aa  92.4  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.49 
 
 
283 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.85 
 
 
280 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.95 
 
 
297 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.33 
 
 
276 aa  90.5  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.26 
 
 
291 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  23.61 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2318  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.21 
 
 
306 aa  90.1  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.101593 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  23.34 
 
 
291 aa  89.4  6e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.35 
 
 
293 aa  89  9e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0506  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.81 
 
 
312 aa  88.2  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076181  normal  0.0104693 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.8 
 
 
299 aa  88.6  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.6 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4020  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.31 
 
 
296 aa  87.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.36894  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.56 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.65 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.14 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.85 
 
 
294 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03172  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.61 
 
 
302 aa  87.4  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.430653  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.76 
 
 
288 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4165  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.89 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187685  normal  0.0599581 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.4 
 
 
298 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.69 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.99 
 
 
280 aa  86.3  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.36 
 
 
297 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0997  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase-like  25.39 
 
 
299 aa  85.5  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000450509  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.74 
 
 
285 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.54 
 
 
281 aa  84  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4021  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.46 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.76 
 
 
297 aa  84  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.03 
 
 
286 aa  83.6  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0697  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.61 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.49 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1276  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.84 
 
 
300 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0547  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.53 
 
 
308 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.08 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.08 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0198  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.97 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.08 
 
 
294 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15930  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.65 
 
 
299 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5508  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.03 
 
 
303 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.62 
 
 
287 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3692  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.89 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.87 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2353  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.85 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.404178  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0227  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.48 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  25.68 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.77 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.42 
 
 
295 aa  80.1  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  24.39 
 
 
288 aa  80.1  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.7 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  22.7 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>