More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3158 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3158  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
221 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0252  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.87 
 
 
225 aa  276  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.302856  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0282  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  68.49 
 
 
224 aa  268  4e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5261  D-methionine ABC transporter, permease protein  67.58 
 
 
224 aa  265  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6305  ABC transporter permease  70.97 
 
 
225 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72630  putative permease of ABC transporter  70.97 
 
 
225 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.28 
 
 
219 aa  239  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.388698  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0066  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  70.98 
 
 
224 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.86 
 
 
223 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00591896  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.78 
 
 
222 aa  230  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0113  ABC transporter, permease protein  69.41 
 
 
223 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.975917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.41 
 
 
223 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0851802 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.41 
 
 
223 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.337726  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.52 
 
 
221 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03094  ABC transporter permease  59.45 
 
 
231 aa  226  3e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1975  ABC transporter permease protein  55.61 
 
 
235 aa  221  7e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00271099  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
235 aa  220  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0083693  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.15 
 
 
229 aa  202  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.529248  normal  0.672629 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000286975  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
217 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0565276  normal  0.49182 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
217 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.302745  normal  0.367632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0921  transmembrane ABC transporter protein  51.39 
 
 
217 aa  191  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.773713  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1770  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.46 
 
 
217 aa  191  6e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000122974  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.4 
 
 
222 aa  190  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0858  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
222 aa  188  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0890  ABC transporter, permease protein  49.27 
 
 
226 aa  187  1e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
222 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.918282  hitchhiker  0.000827956 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
217 aa  186  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.49 
 
 
215 aa  186  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.771315  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0196  D-methionine ABC transporter, permease protein  56.7 
 
 
218 aa  182  3e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2000  methionine transport system permease protein  56.7 
 
 
218 aa  182  3e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.445077  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2987  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.66 
 
 
217 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.626863  hitchhiker  0.00236834 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08270  ABC-type metal ion transport system, permease component  53.12 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154439  normal  0.55012 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3537  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  52.94 
 
 
228 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0228117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0428  ABC transporter, permease protein  48.2 
 
 
225 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2653  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.1 
 
 
224 aa  178  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2418  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.76 
 
 
223 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
227 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3790  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.21 
 
 
230 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481635  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.31 
 
 
224 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
218 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.206806 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.06 
 
 
218 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116542  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34260  putative permease of ABC transporter  50.24 
 
 
217 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0163975 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2911  ABC transporter permease  50.24 
 
 
217 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.144856  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01201  hypothetical protein  50 
 
 
225 aa  175  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
227 aa  174  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
227 aa  174  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.129763 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2537  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
221 aa  173  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567563  normal  0.226034 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7231  ABC transporter membrane spanning protein  50.23 
 
 
213 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.238623  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004239  methionine ABC transporter permease protein  49.04 
 
 
225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.48 
 
 
221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.622159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.33 
 
 
213 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114041  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2018  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.08 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000432369 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.83 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.602881 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.94 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.560605 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4332  hypothetical protein  46.76 
 
 
224 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.362545  normal  0.101939 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1771  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.96 
 
 
221 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3394  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.58 
 
 
218 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.393989  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
221 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.571471  hitchhiker  0.00153184 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0130  ABC D-methionine uptake transporter, inner membrane subunit  46.76 
 
 
224 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.140263  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
224 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0577553  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0854  ABC methionine transporter, inner membrane subunit  47.3 
 
 
218 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0225125  hitchhiker  0.00619599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.89 
 
 
218 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.141892  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.23 
 
 
221 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.0252468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1780  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.28 
 
 
220 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0789  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.17 
 
 
225 aa  169  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0175  ABC transporter permease  47.69 
 
 
222 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.713408  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0173  ABC transporter permease  47.69 
 
 
222 aa  168  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.560116  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0547  methionine ABC transporter permease  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.460496  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.63 
 
 
221 aa  168  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1438  ABC transporter, permease protein  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.455899  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0194  ABC transporter, permease protein  47.69 
 
 
222 aa  168  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1868  ABC transporter, permease protein  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326462  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0449  methionine ABC transporter permease  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.800882  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0859  methionine ABC transporter permease  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2175  methionine ABC transporter permease  47.14 
 
 
218 aa  168  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
223 aa  167  9e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1095  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0123731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1513  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
221 aa  167  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3406  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.139854  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
221 aa  167  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251109  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1042  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  167  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000294871  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00197  DL-methionine transporter subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000504385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000293888  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0205  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000266103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0202  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000439538  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00196  hypothetical protein  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000400781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3461  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000136309  normal  0.862473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0210  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0147429  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0209  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00265437  normal  0.578744 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0165  ABC transporter, permease  47.22 
 
 
222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.41 
 
 
217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0812331  hitchhiker  0.00268015 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.28 
 
 
222 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0192  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  165  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000747175  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.8 
 
 
221 aa  165  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0736  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  165  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00465748  normal  0.854328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0887  D-methionine transport system permease protein MetI  46.89 
 
 
225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0273  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.188598  normal  0.044434 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0287  DL-methionine transporter permease subunit  49.28 
 
 
217 aa  164  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000127237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>