43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4849 on replicon NC_008759
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008759  Pnap_4849  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  423  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1344  XRE family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 258 aa  200  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.388374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2319  XRE family transcriptional regulator  53.89 
 
 		 228 aa  191  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288377  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0677  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 276 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.244102  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3183  hypothetical protein  38.27 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000722228 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5438  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 168 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3689  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.18369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2831  hypothetical protein  39.47 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4462  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 125 aa  53.9  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2058  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 112 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7007  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 110 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 198 aa  49.7  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1840  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 111 aa  48.5  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.69218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  48.1  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5258  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 83 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04066  predicted transcriptional regulator  39.06 
 
 		 84 aa  46.2  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 179 aa  45.8  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0110  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 115 aa  43.9  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  37.5 
 
 		 178 aa  43.1  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0860  transcriptional regulator, putative  34.33 
 
 		 101 aa  43.1  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000051396 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  31.52 
 
 		 122 aa  43.5  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  31.52 
 
 		 122 aa  43.5  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2265  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 115 aa  43.1  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 		 134 aa  42.7  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2364  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 114 aa  42.7  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.348863  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  31.52 
 
 		 122 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 176 aa  42.4  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 212 aa  42  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  28.83 
 
 		 383 aa  42.4  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 156 aa  42.4  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.84 
 
 		 188 aa  42.4  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 164 aa  42.4  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3718  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 114 aa  42  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 179 aa  42  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  29.49 
 
 		 175 aa  42  0.007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3064  hypothetical protein  35.21 
 
 		 116 aa  42  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.296104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20520  DNA binding protein, XRE family  38.16 
 
 		 76 aa  41.6  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 117 aa  41.6  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2636  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 121 aa  41.6  0.01  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000270139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>