More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2946 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2946  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 369 aa  726    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360561  normal  0.390891 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1731  hypothetical protein  41.01 
 
 		 376 aa  250  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2230  hypothetical protein  30.06 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323716 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3835  rhodanese domain-containing protein  45.98 
 
 		 113 aa  73.6  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  30.06 
 
 		 570 aa  72.8  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  35.34 
 
 		 165 aa  70.5  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4614  Rhodanese domain protein  43.62 
 
 		 129 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0480272  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  34.78 
 
 		 151 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  32.17 
 
 		 154 aa  65.9  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  29.57 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0320  Rhodanese domain protein  35.11 
 
 		 103 aa  63.5  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000962456  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  32.68 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0320  thiamine biosynthesis protein ThiI  34.52 
 
 		 484 aa  62.8  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  33.9 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0119  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  26.47 
 
 		 813 aa  60.5  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  26.62 
 
 		 412 aa  59.7  0.00000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.83 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_002936  DET1392  rhodanese-like domain-containing protein  36 
 
 		 144 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  35.59 
 
 		 160 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1308  Rhodanese domain protein  39.45 
 
 		 271 aa  58.9  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.197822  normal  0.0310663 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  32.2 
 
 		 563 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.86 
 
 		 220 aa  58.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2515  rhodanese-like domain-containing protein  32.32 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411992  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0035  rhodanese domain-containing protein  32.32 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0035  rhodanese domain-containing protein  32.32 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  25 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0596  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  40 
 
 		 500 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.461448  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0773  Rhodanese domain protein  37.23 
 
 		 117 aa  57  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1173  rhodanese-like domain protein  34.34 
 
 		 148 aa  57  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  28.57 
 
 		 154 aa  57  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13760  hypothetical protein  33.68 
 
 		 1065 aa  57  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.217439 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0131  Rhodanese domain protein  35.96 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.189011  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  36.13 
 
 		 482 aa  56.2  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01285  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase (rhodanese)  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2338  phage shock operon rhodanese PspE  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00488281  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  32.08 
 
 		 225 aa  55.5  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5264  Rhodanese domain protein  34.74 
 
 		 110 aa  56.2  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2317  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00657888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01296  hypothetical protein  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1544  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0787  Rhodanese domain protein  35.14 
 
 		 154 aa  55.8  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.403999  normal  0.138616 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1518  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1950  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2490  cyclic nucleotide-binding protein  36.52 
 
 		 143 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.529165  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  25.88 
 
 		 1177 aa  55.8  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 225 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0406  rhodanese domain-containing protein  48.61 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.932253 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1814  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.309116 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2535  cyclic nucleotide-binding protein  36.52 
 
 		 143 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.187626  normal  0.577012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1423  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  35.19 
 
 		 147 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2527  cyclic nucleotide-binding protein  36.52 
 
 		 143 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.122265 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  32.48 
 
 		 482 aa  55.1  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0533  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40 
 
 		 568 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.913571  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0573  rhodanese-like protein  38.2 
 
 		 109 aa  55.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.82 
 
 		 227 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.58 
 
 		 1075 aa  55.1  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0020  Rhodanese domain-containing protein  36.46 
 
 		 119 aa  54.7  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.529293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0205  Rhodanese domain protein  39.08 
 
 		 113 aa  55.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2630  Rhodanese domain protein  36.36 
 
 		 112 aa  55.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  25.11 
 
 		 811 aa  54.7  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0564  Rhodanese domain protein  35.23 
 
 		 98 aa  55.1  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000375905  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1997  Rhodanese domain protein  33.88 
 
 		 141 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.885175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  27.92 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2364  rhodanese-like domain protein  33.88 
 
 		 141 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4028  rhodanese domain-containing protein  37.63 
 
 		 110 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.84 
 
 		 226 aa  55.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1612  rhodanese domain-containing protein  34.52 
 
 		 132 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0487868  hitchhiker  0.00165935 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3735  rhodanese domain-containing protein  38.83 
 
 		 113 aa  54.7  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00254792 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  33 
 
 		 1048 aa  54.7  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2967  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.14 
 
 		 817 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 227 aa  54.3  0.000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0042  rhodanese domain-containing protein  34.12 
 
 		 107 aa  54.3  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04510  cyclic nucleotide-binding domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G03170)  31.58 
 
 		 923 aa  53.9  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.05 
 
 		 225 aa  53.9  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  34.62 
 
 		 149 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2434  rhodanese-like domain-containing protein  38.46 
 
 		 356 aa  53.1  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0676  rhodanese-like domain-containing protein  34.94 
 
 		 98 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3847  Rhodanese domain protein  42.7 
 
 		 129 aa  53.5  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.323646  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0874  rhodanese domain family protein  34.94 
 
 		 98 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000677114 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1810  thiosulfate:cyanide sulfurtransferase  34.15 
 
 		 104 aa  53.1  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000312161 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2654  hypothetical protein  34.74 
 
 		 116 aa  53.1  0.000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.173279  normal  0.613191 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1398  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.24 
 
 		 554 aa  53.1  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00125379  normal  0.336053 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  31.71 
 
 		 322 aa  53.1  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1201  rhodanese domain-containing protein  34 
 
 		 148 aa  53.1  0.000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.069675  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0742  hypothetical protein  38.03 
 
 		 98 aa  53.1  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0690  rhodanese-like domain-containing protein  38.03 
 
 		 98 aa  53.1  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0702079  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0496  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 129 aa  53.1  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0728  molybdopterin biosynthesis protein MoeB  39.13 
 
 		 388 aa  53.1  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  35.05 
 
 		 225 aa  53.1  0.000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1713  putative lipoprotein  37.11 
 
 		 134 aa  52.8  0.000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1570  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.43 
 
 		 424 aa  52.8  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1513  cyclic nucleotide-binding protein  29.3 
 
 		 308 aa  52.8  0.000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00604424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  33.61 
 
 		 482 aa  52.8  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2852  Rhodanese domain-containing protein  37.78 
 
 		 113 aa  52.4  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0870  rhodanese domain-containing protein  36.62 
 
 		 98 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2399  rhodanese-like protein  38.14 
 
 		 138 aa  52.8  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2894  rhodanese domain-containing protein  36.46 
 
 		 113 aa  52.4  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.127379  normal  0.672082 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  38 
 
 		 355 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>