More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0529 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
285 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  91.76 
 
 
285 aa  524  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  91.4 
 
 
285 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.88 
 
 
284 aa  511  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.79 
 
 
283 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.07 
 
 
283 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.43 
 
 
305 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  85.51 
 
 
285 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  86.79 
 
 
285 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  60.38 
 
 
301 aa  322  6e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  55.47 
 
 
280 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
295 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  50.19 
 
 
298 aa  243  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  46.24 
 
 
294 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  43.37 
 
 
260 aa  175  9e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  37.76 
 
 
261 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  38.74 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  29.24 
 
 
271 aa  112  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  30 
 
 
284 aa  96.3  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  32.83 
 
 
249 aa  95.9  7e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2623  alpha/beta hydrolase fold  31.7 
 
 
269 aa  91.3  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  27.5 
 
 
261 aa  89.7  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  31.06 
 
 
267 aa  88.6  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0874  3-oxoadipate enol-lactonase  30.24 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.839441  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  31.91 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  28.17 
 
 
271 aa  83.2  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  27.42 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  29.37 
 
 
425 aa  81.6  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  29.02 
 
 
275 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
267 aa  79.3  0.00000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  28.68 
 
 
266 aa  79  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  29.26 
 
 
275 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  24.81 
 
 
260 aa  77.4  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  28.05 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2408  Alpha/beta hydrolase fold  27.95 
 
 
282 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.734786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1557  putative hydrolase  30.52 
 
 
328 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17910  alpha/beta family hydrolase  30.52 
 
 
328 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  28.92 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  28.74 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  28.92 
 
 
292 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  28.16 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  28.51 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  28.83 
 
 
277 aa  75.1  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2609  3-oxoadipate enol-lactonase  25.57 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  25.94 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  30.36 
 
 
264 aa  74.7  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  28.73 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3606  3-oxoadipate enol-lactonase  30.77 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0197721  hitchhiker  0.000894779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4348  alpha/beta hydrolase fold  28.37 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  28.41 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  28.03 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.67 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2283  3-oxoadipate enol-lactonase  30.4 
 
 
263 aa  71.6  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.256005  normal  0.256435 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  26.73 
 
 
325 aa  72  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1663  3-oxoadipate enol-lactonase  29.72 
 
 
263 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0244187  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
287 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1064  alpha/beta fold family hydrolase  27.4 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33764  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0993  alpha/beta hydrolase fold  24.83 
 
 
345 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.87511  unclonable  0.000000000579867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1367  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  31.16 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1385  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
256 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.279159  normal  0.947236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  27.13 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2674  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  26.77 
 
 
282 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2323  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.262735  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3438  3-oxoadipate enol-lactonase  25.51 
 
 
277 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  27.24 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3016  3-oxoadipate enol-lactonase  28.27 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.352868  normal  0.357434 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  27.94 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2974  3-oxoadipate enol-lactonase  28.27 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108542  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  27.16 
 
 
373 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0111  alpha/beta hydrolase fold protein  25.88 
 
 
263 aa  70.5  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  28.82 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1857  3-oxoadipate enol-lactonase  24.25 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.115671  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5996  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)  29.69 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2446  alpha/beta hydrolase fold protein  26.52 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.969901  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  31.47 
 
 
274 aa  69.7  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  28.7 
 
 
258 aa  69.7  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  30.43 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  27.95 
 
 
261 aa  69.7  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3860  prolyl aminopeptidase  26.25 
 
 
286 aa  69.7  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0554671 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1401  3-oxoadipate enol-lactonase  25.93 
 
 
256 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.926851 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1350  alpha/beta hydrolase fold  26.97 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2798  alpha/beta hydrolase fold protein  27.1 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3587  alpha/beta hydrolase fold protein  29.34 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00848755 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1684  alpha/beta hydrolase fold  29.61 
 
 
329 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3475  3-oxoadipate enol-lactonase  26.82 
 
 
258 aa  69.3  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.651032  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4047  alpha/beta hydrolase fold  26.97 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  27.92 
 
 
267 aa  68.9  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1042  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
265 aa  68.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3546  3-oxoadipate enol-lactonase  31.8 
 
 
251 aa  68.2  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0975813  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4543  Alpha/beta hydrolase fold  28.64 
 
 
343 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  24.83 
 
 
299 aa  68.2  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  27.97 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2294  alpha/beta hydrolase fold  27.38 
 
 
263 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.610151 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4095  alpha/beta fold family hydrolase  25.3 
 
 
294 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000787751  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13198  peroxidase  27.17 
 
 
286 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.285642 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2039  alpha/beta hydrolase fold protein  30.39 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3834  alpha/beta hydrolase fold  26.25 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441877 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  24.57 
 
 
291 aa  67.4  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13602  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase bphD  26.21 
 
 
291 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.552922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>