More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4766 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  673    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  50.89 
 
 		 338 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.15 
 
 		 339 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  49.85 
 
 		 339 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  46.13 
 
 		 340 aa  262  4.999999999999999e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.82 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  39.39 
 
 		 334 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.24 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.31 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  37.72 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  41.62 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.86 
 
 		 330 aa  212  7.999999999999999e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  37.13 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  40.19 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.14 
 
 		 339 aa  209  6e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  37.31 
 
 		 335 aa  209  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  39.59 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.5 
 
 		 342 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 344 aa  202  7e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.28 
 
 		 341 aa  202  7e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.39 
 
 		 356 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  39.7 
 
 		 334 aa  202  9e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  39.76 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  36.83 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  38.18 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.92 
 
 		 342 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.92 
 
 		 342 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 		 335 aa  199  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  35.12 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.09 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.2 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.2 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.2 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.78 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.2 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.78 
 
 		 343 aa  193  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.2 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 		 343 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.69 
 
 		 330 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  35.76 
 
 		 333 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  35.4 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  36.55 
 
 		 343 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.01 
 
 		 347 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  36.55 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  37.73 
 
 		 359 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.43 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  34.94 
 
 		 334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 336 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 353 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 		 342 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.01 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.73 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.06 
 
 		 348 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 343 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  32.62 
 
 		 324 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 364 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3686  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3421  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.72 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.249676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3013  transcriptional regulator, LacI family  36.7 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  34.42 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 347 aa  166  4e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 325 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.73 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.33 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.33 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  37.03 
 
 		 339 aa  162  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 371 aa  162  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 343 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6160  transcriptional regulator, LacI family  32.23 
 
 		 340 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00050807 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.82 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.82 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.82 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.82 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 339 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.42 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1003  LacI family transcription regulator  29.58 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>