More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3973 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3973  glutamate racemase  100 
 
 		 270 aa  551  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0897  glutamate racemase  83.7 
 
 		 270 aa  470  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0195405 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2947  glutamate racemase  83.7 
 
 		 270 aa  467  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22865  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1593  glutamate racemase  83.7 
 
 		 270 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0287859 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1760  glutamate racemase  78.81 
 
 		 273 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.333345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2338  glutamate racemase  76.21 
 
 		 270 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1122  glutamate racemase  74.07 
 
 		 269 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.742297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4875  glutamate racemase  42.4 
 
 		 283 aa  198  9e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0705  glutamate racemase  38.04 
 
 		 274 aa  189  4e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000505847 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4218  glutamate racemase  39.21 
 
 		 285 aa  173  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.574186  normal  0.380381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0989  glutamate racemase  38.43 
 
 		 279 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2377  glutamate racemase  38.13 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.65613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6531  glutamate racemase  38.55 
 
 		 272 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.17724  normal  0.161273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  34.9 
 
 		 276 aa  125  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0698  glutamate racemase  34.85 
 
 		 259 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0699  glutamate racemase  34.85 
 
 		 259 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0872  glutamate racemase  34.09 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1602  glutamate racemase  34.41 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.151201  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2202  glutamate racemase  29.75 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0664  glutamate racemase  34.47 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  31.54 
 
 		 280 aa  118  7.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  31.4 
 
 		 280 aa  119  7.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  34.8 
 
 		 280 aa  118  9e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  31.6 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  33.09 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  31.48 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2743  glutamate racemase  31.79 
 
 		 285 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.677331  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5648  glutamate racemase  34.08 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.546638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  34.8 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1386  glutamate racemase  31.99 
 
 		 272 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3460  glutamate racemase  28.25 
 
 		 269 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0361413 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  34.8 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0638  glutamate racemase  28.63 
 
 		 256 aa  116  3e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1865  glutamate racemase  33.21 
 
 		 283 aa  116  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0131897  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2624  glutamate racemase  27.14 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  33.46 
 
 		 263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  33.96 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  31.6 
 
 		 267 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  34.12 
 
 		 276 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  31.23 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  31.23 
 
 		 269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  34.51 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1554  glutamate racemase  32.46 
 
 		 247 aa  113  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00221253  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1214  glutamate racemase  29.5 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  33.33 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3867  glutamate racemase  32.71 
 
 		 270 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2013  glutamate racemase  31.88 
 
 		 247 aa  112  5e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  35.96 
 
 		 265 aa  112  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  30.86 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1643  glutamate racemase  32.31 
 
 		 247 aa  112  6e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0429  glutamate racemase  29.81 
 
 		 283 aa  112  6e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.13208  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1824  glutamate racemase  32.31 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  35.27 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  33.85 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0848  glutamate racemase  33.08 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  33.45 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  34.58 
 
 		 273 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4236  glutamate racemase  30.48 
 
 		 269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  30.48 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  34.87 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1296  glutamate racemase  27.65 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  31.65 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0538  glutamate racemase  27.64 
 
 		 261 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000109629  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  30.86 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  32.73 
 
 		 272 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20070  glutamate racemase  35.19 
 
 		 270 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189885  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  28.1 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  32.83 
 
 		 290 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1467  glutamate racemase  28.36 
 
 		 292 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0107271  normal  0.23474 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1797  glutamate racemase  29 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  31.19 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  30.05 
 
 		 271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  32.83 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  31.06 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  31.25 
 
 		 281 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  34.26 
 
 		 282 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  34.39 
 
 		 303 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  30.19 
 
 		 271 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  35.11 
 
 		 265 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25070  glutamate racemase  31.73 
 
 		 268 aa  108  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  32.77 
 
 		 275 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  32.17 
 
 		 281 aa  108  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  27.31 
 
 		 267 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  32.45 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  33.72 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2810  glutamate racemase  30.53 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0885  glutamate racemase  32.1 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0079  glutamate racemase  30.71 
 
 		 246 aa  106  3e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1323  glutamate racemase  30.15 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.123332  hitchhiker  0.00249811 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  32.47 
 
 		 272 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  28.35 
 
 		 267 aa  106  4e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1700  glutamate racemase  33.08 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499651  normal  0.299923 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  29.41 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0860  glutamate racemase  29.15 
 
 		 284 aa  105  6e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000213664  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  32.45 
 
 		 290 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>