95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3563 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3563    100 
 
 		 943 bp  1869    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452743  normal  0.133184 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1616    100 
 
 		 793 bp  1532    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3846  integrase catalytic subunit  84.65 
 
 		 906 bp  379  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3162  integrase catalytic subunit  83.84 
 
 		 906 bp  347  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116464  normal  0.334205 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3476  hypothetical protein  80.81 
 
 		 657 bp  170  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.184573 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1572  integrase, catalytic region  82.26 
 
 		 906 bp  153  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2120  integrase, catalytic region  82.26 
 
 		 906 bp  153  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.824405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3384  hypothetical protein  83.98 
 
 		 345 bp  147  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6426  integrase catalytic region  82.78 
 
 		 906 bp  129  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6463  integrase catalytic region  82.78 
 
 		 906 bp  129  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.666389 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0760  integrase catalytic subunit  82.95 
 
 		 735 bp  111  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6731    84.67 
 
 		 2015 bp  105  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.144839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3929    84.67 
 
 		 216 bp  105  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1295    84.56 
 
 		 279 bp  103  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4212  integrase catalytic subunit  81.13 
 
 		 906 bp  103  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.955324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2687    83.8 
 
 		 267 bp  99.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2709  integrase catalytic subunit  84.8 
 
 		 900 bp  97.6  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2937  integrase catalytic subunit  84.8 
 
 		 900 bp  97.6  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal  0.799386 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4953  integrase catalytic region  85.34 
 
 		 852 bp  95.6  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1426  Integrase catalytic region  82.1 
 
 		 915 bp  91.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0450418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1608    82.1 
 
 		 916 bp  91.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5204  integrase catalytic subunit  86.96 
 
 		 849 bp  87.7  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184454  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5122  integrase catalytic subunit  86.96 
 
 		 849 bp  87.7  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9838  transposase  81.88 
 
 		 906 bp  81.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9898  transposase  81.88 
 
 		 906 bp  81.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3255  Integrase catalytic region  84.07 
 
 		 852 bp  81.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3906    84.07 
 
 		 912 bp  81.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414091  normal  0.612395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2977  Tn4652, transposase subunit B  84.26 
 
 		 906 bp  79.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1286  hypothetical protein  82.58 
 
 		 558 bp  79.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.350643  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6152    87 
 
 		 249 bp  79.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3375    85.71 
 
 		 279 bp  77.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292751 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5541  transposase catalytic site ISRme15  84.31 
 
 		 858 bp  75.8  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0740  Integrase catalytic region  84.31 
 
 		 858 bp  75.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0332591  normal  0.114218 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1826  Integrase catalytic region  84.31 
 
 		 858 bp  75.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.0211966 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0008  Integrase catalytic region  84.31 
 
 		 858 bp  75.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6067  transposase catalytic site ISRme15  84.31 
 
 		 858 bp  75.8  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1445    87.67 
 
 		 324 bp  73.8  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1663  Integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1753  Integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.289897  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2513  Integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1636    91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1597  Integrase catalytic region  91.07 
 
 		 906 bp  71.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.369801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3544    81.12 
 
 		 802 bp  69.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2741  Integrase catalytic region  85.9 
 
 		 450 bp  67.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0894729  normal  0.05514 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7273    85.53 
 
 		 108 bp  63.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1895    86.76 
 
 		 162 bp  63.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.912531  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3736  integrase catalytic region  82.83 
 
 		 906 bp  61.9  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3705  integrase catalytic region  82.83 
 
 		 906 bp  61.9  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7785  integrase catalytic region  89.09 
 
 		 135 bp  61.9  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00395813  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2222  integrase catalytic subunit  88.14 
 
 		 837 bp  61.9  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.21419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0465    86.36 
 
 		 141 bp  60  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02251  transposase  87.1 
 
 		 177 bp  60  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1795  transposase  96.97 
 
 		 378 bp  58  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.246406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0539  transposase  83.75 
 
 		 300 bp  56  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5555  integrase catalytic region  81.73 
 
 		 855 bp  56  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01694  TnpB  82.61 
 
 		 300 bp  56  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5344  integrase catalytic region  81.73 
 
 		 855 bp  56  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5064  integrase catalytic region  81.73 
 
 		 855 bp  56  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4441  integrase catalytic region  81.73 
 
 		 855 bp  56  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3608  Integrase catalytic region  81.31 
 
 		 906 bp  54  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0251528  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2043    81.31 
 
 		 2389 bp  54  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.153153  hitchhiker  0.00767267 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2528  Integrase catalytic region  81.31 
 
 		 906 bp  54  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000564647  hitchhiker  0.00383779 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3483  Integrase catalytic region  81.31 
 
 		 906 bp  54  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00971742  hitchhiker  0.00375901 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5725  integrase catalytic region  80.33 
 
 		 912 bp  52  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7786  hypothetical protein  85.48 
 
 		 324 bp  52  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.0016591  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6829    87.04 
 
 		 255 bp  52  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0482  putative transposase  94.12 
 
 		 96 bp  52  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.775995  normal  0.273328 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8255  transposase  84.62 
 
 		 369 bp  50.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0325797  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13206  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.3114300000000003e-18  normal  0.570802 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0854  hypothetical protein  83.12 
 
 		 135 bp  50.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1216  Integrase catalytic region  80.73 
 
 		 936 bp  50.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02252  ISPsy21, transposase OrfB  86.79 
 
 		 687 bp  50.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10852  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  5.901690000000001e-44  decreased coverage  0.0000000161998 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11348  transposase  96.55 
 
 		 837 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  4.0645000000000005e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11738    96.55 
 
 		 1775 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.28559e-27  normal  0.52056 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11739  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  3.46568e-46  normal  0.519629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11773  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.63075e-23  hitchhiker  0.0000000024473 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11780  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  8.89938e-72  hitchhiker  0.00000000193173 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11785  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.8775e-79  hitchhiker  0.0000000184324 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11792  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.87208e-50  hitchhiker  0.00000308071 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11806  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.55346e-33  hitchhiker  0.00499729 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12047    96.55 
 
 		 2615 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0256543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12048  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.2114e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12114  hypothetical protein  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.76426e-46  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12378  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.6977900000000003e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12381  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.55066e-37  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12415    96.55 
 
 		 1916 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000185069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12416  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.46754e-28  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12828  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.44608e-31  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13130    96.55 
 
 		 2027 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000997502  normal  0.0691909 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13132  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000174572  normal  0.138383 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13357  transposase  96.55 
 
 		 885 bp  50.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.77516e-37  normal  0.294919 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03920  ISPsy21, transposase OrfB  86.79 
 
 		 513 bp  50.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.67034  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1287  hypothetical protein  83.82 
 
 		 189 bp  48.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.868264  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0536    82.5 
 
 		 456 bp  48.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.193561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>