41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1043 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1043  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 181 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4149  hypothetical protein  38.54 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26535  decreased coverage  0.0023385 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1714  cupin 2 domain-containing protein  30.94 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  32.67 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3333  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 294 aa  50.1  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0663795  normal  0.136427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0266  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.98 
 
 		 130 aa  49.7  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.465169  normal  0.12222 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.18 
 
 		 128 aa  50.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.492542  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0320  cupin 2 domain-containing protein  30.34 
 
 		 146 aa  49.3  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.864661  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2392  cupin 2 domain-containing protein  36.54 
 
 		 140 aa  48.9  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.232938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0177  cupin 2 domain-containing protein  30.69 
 
 		 148 aa  48.5  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1207  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.14 
 
 		 152 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.830198  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1654  hypothetical protein  39.13 
 
 		 134 aa  48.5  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.225443  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4406  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 169 aa  47.8  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0295153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7008  hypothetical protein  28.04 
 
 		 163 aa  47.4  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0126624  hitchhiker  0.000933462 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 165 aa  47.4  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0317  hypothetical protein  35.29 
 
 		 132 aa  46.6  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.543351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.98 
 
 		 149 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.657648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3638  cupin 2 domain-containing protein  35.21 
 
 		 152 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.588869  normal  0.0557412 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2852  cupin 2  34.02 
 
 		 156 aa  45.4  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3189  cupin 2, barrel  30.4 
 
 		 190 aa  44.7  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00000805068  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  30.85 
 
 		 135 aa  44.7  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1351  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 114 aa  44.7  0.0008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00886277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1335  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 114 aa  44.7  0.0008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568302  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  28.12 
 
 		 202 aa  44.3  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.29 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0147  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.79 
 
 		 141 aa  43.9  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.56 
 
 		 146 aa  43.9  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1864  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.09 
 
 		 144 aa  43.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2148  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.48 
 
 		 133 aa  43.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.0024464  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1397  cupin 2 domain-containing protein  32.35 
 
 		 115 aa  43.5  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0319163  normal  0.27943 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3706  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.7 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0440  cupin 2, barrel  29.66 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.351298  normal  0.537185 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3791  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.19 
 
 		 159 aa  42.7  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.302037  normal  0.0222415 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4993  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.7 
 
 		 137 aa  42.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5854  cupin 2 domain-containing protein  30.39 
 
 		 137 aa  42  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.154077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1646  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.72 
 
 		 116 aa  41.6  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2629  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.67 
 
 		 138 aa  42  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10260  cupin domain-containing protein  31.34 
 
 		 94 aa  41.6  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.227794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3556  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.82 
 
 		 169 aa  41.2  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2327  cupin 2 domain-containing protein  26.67 
 
 		 150 aa  40.8  0.009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000139899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6634  cupin 2 domain-containing protein  31.43 
 
 		 189 aa  40.8  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.718615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>