156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2716 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
490 aa  1005    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  51.73 
 
 
496 aa  487  1e-136  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  46.73 
 
 
493 aa  467  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  49.79 
 
 
486 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  49.38 
 
 
486 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  49.07 
 
 
493 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  49.79 
 
 
490 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
469 aa  265  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.61 
 
 
466 aa  262  8.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.77 
 
 
455 aa  261  2e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.1 
 
 
450 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  36.03 
 
 
468 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.82 
 
 
462 aa  258  2e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  34.64 
 
 
464 aa  250  4e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 
448 aa  249  1e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.21 
 
 
447 aa  246  6e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.86 
 
 
452 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.71 
 
 
456 aa  246  6.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  35.37 
 
 
495 aa  244  3e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  35.46 
 
 
459 aa  244  3e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  33.47 
 
 
468 aa  240  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  35.13 
 
 
461 aa  237  4e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.99 
 
 
473 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  33.97 
 
 
843 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.04 
 
 
449 aa  230  3e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  33.83 
 
 
446 aa  229  6e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  34.66 
 
 
506 aa  228  2e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  35.39 
 
 
487 aa  228  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.41 
 
 
451 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
462 aa  225  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.02 
 
 
476 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  28.11 
 
 
453 aa  217  4e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  33.19 
 
 
477 aa  212  2e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  33.19 
 
 
477 aa  212  2e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.86 
 
 
494 aa  210  5e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  32.26 
 
 
511 aa  207  2e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  31.84 
 
 
467 aa  208  2e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.61 
 
 
467 aa  204  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 
467 aa  204  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.96 
 
 
467 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 
465 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  29.46 
 
 
495 aa  92.4  2e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.76 
 
 
484 aa  59.3  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.16 
 
 
477 aa  59.3  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.84 
 
 
469 aa  58.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.68 
 
 
457 aa  57.8  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.96 
 
 
479 aa  57.8  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.52 
 
 
486 aa  57.8  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.11 
 
 
470 aa  57.8  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.74 
 
 
474 aa  57.4  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.54 
 
 
483 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  25 
 
 
479 aa  56.2  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.99 
 
 
471 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  25.59 
 
 
514 aa  55.5  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.74 
 
 
483 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.11 
 
 
468 aa  55.8  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.41 
 
 
493 aa  55.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.98 
 
 
497 aa  54.7  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.18 
 
 
459 aa  55.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.06 
 
 
519 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.06 
 
 
519 aa  55.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.88 
 
 
499 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.71 
 
 
473 aa  54.7  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  28.41 
 
 
469 aa  54.3  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.75 
 
 
512 aa  53.9  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.32 
 
 
499 aa  53.9  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.05 
 
 
471 aa  53.9  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30 
 
 
505 aa  53.9  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.01 
 
 
481 aa  53.9  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.82 
 
 
486 aa  53.5  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  29.17 
 
 
486 aa  53.5  0.000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.41 
 
 
476 aa  53.5  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.12 
 
 
487 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.82 
 
 
475 aa  53.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.97 
 
 
476 aa  53.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.91 
 
 
499 aa  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.31 
 
 
463 aa  52.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.51 
 
 
500 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.82 
 
 
487 aa  52.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.68 
 
 
477 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.98 
 
 
478 aa  51.2  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.54 
 
 
471 aa  51.2  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.15 
 
 
452 aa  50.8  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.98 
 
 
505 aa  50.8  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.87 
 
 
475 aa  50.4  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.98 
 
 
477 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.46 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.65 
 
 
475 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.46 
 
 
487 aa  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28 
 
 
500 aa  50.1  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.55 
 
 
483 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  28.74 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  28.74 
 
 
471 aa  49.7  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.71 
 
 
475 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.25 
 
 
477 aa  49.7  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.4 
 
 
474 aa  49.3  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.14 
 
 
476 aa  48.5  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.06 
 
 
486 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.06 
 
 
534 aa  48.9  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.06 
 
 
486 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>