More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3085 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  100 
 
 		 321 aa  635    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  91.51 
 
 		 320 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  57.14 
 
 		 319 aa  349  4e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  48.87 
 
 		 318 aa  262  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  41.14 
 
 		 320 aa  242  6e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  44.44 
 
 		 327 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  45.48 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  44.69 
 
 		 327 aa  232  7.000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  45.81 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  43.56 
 
 		 316 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  44.2 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  41.59 
 
 		 317 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  44.98 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  42.45 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  42.07 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  41.9 
 
 		 317 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  44.62 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  42.86 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  42.86 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  41.49 
 
 		 328 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  42.14 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  41.1 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  42.72 
 
 		 340 aa  208  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  39.01 
 
 		 329 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  41.53 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  38.39 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  42.77 
 
 		 328 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  40.32 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  38.34 
 
 		 329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  39.75 
 
 		 353 aa  200  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  42.99 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  38.44 
 
 		 329 aa  200  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  40.38 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  38.71 
 
 		 321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  37.81 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  40.51 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  42.21 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  37.97 
 
 		 328 aa  197  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  42.59 
 
 		 328 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  40.51 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  42.39 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  42.39 
 
 		 334 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  42.39 
 
 		 334 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  39.37 
 
 		 313 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  41.72 
 
 		 340 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  39.87 
 
 		 316 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  48.89 
 
 		 314 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  41.48 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  48.89 
 
 		 314 aa  189  8e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  38.44 
 
 		 325 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  41.77 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  49.12 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  38.92 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  36.16 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  35.94 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  40.32 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  36.31 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  38.32 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  35.83 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  35.83 
 
 		 325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  38.92 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  34.95 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  35.28 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  35.85 
 
 		 327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  39.81 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  35.74 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  36.22 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  35.37 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  35.37 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  35.37 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  38.96 
 
 		 324 aa  162  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  35.37 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  35.05 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  37.69 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  35.41 
 
 		 318 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  34.75 
 
 		 318 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  35.53 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  33.98 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  35.08 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  36.31 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2338  anti-FecI sigma factor, FecR  37.29 
 
 		 314 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633615  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  35.83 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  35.42 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  32.81 
 
 		 318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3576  anti-FecI sigma factor, FecR  36.49 
 
 		 314 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  32.5 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  35.08 
 
 		 324 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  32.5 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  34.1 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  37.3 
 
 		 323 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  35.02 
 
 		 318 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2195  anti-FecI sigma factor, FecR  35.81 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  34.49 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  35.96 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1150  anti-FecI sigma factor, FecR  30.09 
 
 		 322 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  32.2 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  32.9 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  34.5 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  33.13 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>