More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1799 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1799  GDP-mannose 4,6 dehydratase  100 
 
 		 355 aa  736    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3152  normal  0.0668302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0916  GDP-mannose 4,6-dehydratase  90.38 
 
 		 343 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1408  GDP-mannose 4,6-dehydratase  97.96 
 
 		 343 aa  696    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.261651 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0759  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.1 
 
 		 346 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3277  GDP-mannose 4,6-dehydratase  85.34 
 
 		 344 aa  608  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0770  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.66 
 
 		 346 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0492  GDP-mannose 4,6-dehydratase  84.41 
 
 		 344 aa  604  9.999999999999999e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1158  GDP-mannose 4,6-dehydratase  83.28 
 
 		 344 aa  600  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00134514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1271  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.99 
 
 		 346 aa  595  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0368373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0400  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.11 
 
 		 372 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0880  GDP-mannose 4,6-dehydratase  82.11 
 
 		 372 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1331  GDP-mannose 4,6-dehydratase  81.82 
 
 		 345 aa  589  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.06 
 
 		 346 aa  589  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1680  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.7 
 
 		 344 aa  581  1.0000000000000001e-165  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1005  GDP-mannose 4,6-dehydratase  80.29 
 
 		 348 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.403291  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0757  GDP-mannose 4,6-dehydratase  78.61 
 
 		 346 aa  577  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1630  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.75 
 
 		 346 aa  574  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333823  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4012  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.75 
 
 		 357 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.562545  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1701  GDP-mannose 4,6 dehydratase  77.75 
 
 		 346 aa  574  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.286403  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1704  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.19 
 
 		 344 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0232343  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3559  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.1 
 
 		 348 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0335248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.1 
 
 		 348 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3970  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.1 
 
 		 348 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2115  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.81 
 
 		 348 aa  560  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.194091  normal  0.160076 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1868  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.32 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350001  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0540  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.32 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1709  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.32 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0269381  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0758  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.61 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0627474  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2434  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.32 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.186201  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1069  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.13 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.390497 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2295  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.61 
 
 		 347 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0502351  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3358  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.29 
 
 		 348 aa  554  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.591242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  77.29 
 
 		 348 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1660  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.32 
 
 		 347 aa  552  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4612  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.61 
 
 		 347 aa  549  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.714119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0690  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.44 
 
 		 347 aa  550  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00490394  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4280  GDP-mannose 4,6-dehydratase  76.54 
 
 		 345 aa  550  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1965  GDP-mannose 4,6-dehydratase  75.15 
 
 		 347 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2234  GDP-mannose 4,6-dehydratase  74.56 
 
 		 347 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.666066  normal  0.301311 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6734  GDP-mannose 4,6-dehydratase  73.31 
 
 		 344 aa  531  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3292  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 		 343 aa  425  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.694312  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2890  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 		 343 aa  425  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.657822  normal  0.291192 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2977  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 		 339 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2592  GDP-mannose 4,6-dehydratase  61.08 
 
 		 339 aa  424  1e-117  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  59.17 
 
 		 373 aa  416  9.999999999999999e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.06 
 
 		 327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  60.18 
 
 		 334 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59 
 
 		 361 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0425  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.41 
 
 		 353 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1932  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.94 
 
 		 353 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589078 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.82 
 
 		 367 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 		 363 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2843  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.46 
 
 		 362 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.14 
 
 		 368 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4567  GDP-mannose 4,6-dehydratase  59.34 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.47 
 
 		 368 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1288  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.39 
 
 		 361 aa  395  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3441  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.08 
 
 		 345 aa  398  1e-109  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6329  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 		 354 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.6 
 
 		 327 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.43 
 
 		 361 aa  391  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.93 
 
 		 323 aa  392  1e-108  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.85 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.33 
 
 		 363 aa  392  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3928  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.21 
 
 		 324 aa  392  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.86 
 
 		 329 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3217  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.62 
 
 		 321 aa  389  1e-107  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.304058 
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.64 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.48 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2901  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.98 
 
 		 361 aa  391  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.211748  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1249  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.98 
 
 		 355 aa  388  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.61 
 
 		 342 aa  390  1e-107  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1525  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.94 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43847  predicted protein  56.53 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.379971  normal  0.189398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.6 
 
 		 359 aa  389  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.8 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 		 327 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.16 
 
 		 368 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.4 
 
 		 373 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.34 
 
 		 365 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.24 
 
 		 328 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  56.93 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71990  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.98 
 
 		 323 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.4 
 
 		 373 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1312  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.65 
 
 		 369 aa  382  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.04 
 
 		 328 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.07 
 
 		 364 aa  383  1e-105  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.27 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  55.69 
 
 		 372 aa  381  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02910  GDP-D-mannose dehydratase  54.78 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6243  GDP-mannose 4,6-dehydratase  58.16 
 
 		 323 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.14 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.59 
 
 		 339 aa  382  1e-105  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.12 
 
 		 372 aa  379  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  52.97 
 
 		 400 aa  378  1e-104  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0082  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.64 
 
 		 352 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.584203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  54.31 
 
 		 370 aa  379  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  54.52 
 
 		 369 aa  380  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3405  GDP-mannose 4,6-dehydratase  56.85 
 
 		 351 aa  379  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00873108  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0412  GDP-mannose 4,6-dehydratase  53.76 
 
 		 382 aa  379  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>