More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1791 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1791  aldolase/synthase, putative  100 
 
 
534 aa  1113    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2668  pyruvate carboxyltransferase  37.73 
 
 
539 aa  383  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2608  hypothetical protein  31.15 
 
 
295 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2735  hypothetical protein  30.77 
 
 
295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0787  pyruvate carboxyltransferase  25.19 
 
 
531 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2258  pyruvate carboxyltransferase  28.92 
 
 
328 aa  106  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.3435  normal  0.711145 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0727  hypothetical protein  28.7 
 
 
330 aa  103  9e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0140  pyruvate carboxyltransferase  26.2 
 
 
352 aa  101  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.00000000000000672144 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0987  hypothetical protein  27.42 
 
 
344 aa  101  4e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.861522  normal  0.983085 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0238  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  26.67 
 
 
351 aa  97.8  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13506  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.95 
 
 
336 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4743  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  28.23 
 
 
344 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2157  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.71 
 
 
341 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2298  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.53 
 
 
341 aa  87  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1083  pyruvate carboxyltransferase  28.09 
 
 
311 aa  86.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2116  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.74 
 
 
340 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3025  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.29 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3072  HMG-CoA lyase-like  30 
 
 
342 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.357205  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1775  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.66 
 
 
338 aa  82.4  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4567  pyruvate carboxyltransferase  28.75 
 
 
348 aa  80.1  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48570  putative 2-isopropylmalate synthase  25.32 
 
 
455 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.251079  normal  0.0168935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2034  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.77 
 
 
343 aa  78.6  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4081  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.99 
 
 
352 aa  78.2  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.389016  decreased coverage  0.000053285 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.36 
 
 
347 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.739871  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0890  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.05 
 
 
347 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2454  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.05 
 
 
347 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2590  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.05 
 
 
347 aa  76.6  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2410  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.96 
 
 
336 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0128  pyruvate carboxyltransferase  27.69 
 
 
274 aa  75.5  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7644  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.63 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.934418 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4743  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.29 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2007  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.2 
 
 
339 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  26.64 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3238  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.32 
 
 
353 aa  74.3  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.193087  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2888  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.32 
 
 
350 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2882  pyruvate carboxyltransferase  27.76 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5438  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.32 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113513  normal  0.601738 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5835  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.32 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.633164  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3321  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.57 
 
 
358 aa  73.6  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111533  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3801  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.54 
 
 
339 aa  73.2  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.831034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1468  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.63 
 
 
347 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4391  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  28.11 
 
 
337 aa  73.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1069  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthases  25 
 
 
503 aa  71.6  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.111067  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  26.05 
 
 
390 aa  71.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0597  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.91 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1022  pyruvate carboxyltransferase  25.1 
 
 
287 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2573  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  29.39 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0604  (R)-citramalate synthase  26.32 
 
 
504 aa  70.5  0.00000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0984378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30570  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.36 
 
 
350 aa  70.5  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00100274  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0505  homocitrate synthase  34.62 
 
 
381 aa  70.1  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13567  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.7 
 
 
346 aa  70.1  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000946481 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0536  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  27.82 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9113  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  30.2 
 
 
337 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1522  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.6 
 
 
352 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0531  2-isopropylmalate synthase  31.36 
 
 
514 aa  67.8  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428249  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4489  pyruvate carboxyltransferase  31.25 
 
 
398 aa  67.4  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3808  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.74 
 
 
354 aa  67.4  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669855 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2149  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.76 
 
 
342 aa  67  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0485  homocitrate synthase  31.09 
 
 
400 aa  67  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  28.74 
 
 
509 aa  67  0.0000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5234  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  24.8 
 
 
350 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899862  normal  0.187556 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  30.51 
 
 
514 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3687  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.92 
 
 
346 aa  66.6  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  24.43 
 
 
393 aa  66.6  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4450  pyruvate carboxyltransferase  27.84 
 
 
402 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1619  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  26.42 
 
 
352 aa  66.6  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1649  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.62 
 
 
339 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264755  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  27.08 
 
 
378 aa  65.5  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0441  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  26.17 
 
 
349 aa  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216235  decreased coverage  0.00115827 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0911  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  24.8 
 
 
358 aa  65.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5042  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  23.72 
 
 
353 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228973  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1919  homocitrate synthase  25.65 
 
 
375 aa  64.7  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00307593  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  29.03 
 
 
389 aa  64.7  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2462  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  27.24 
 
 
342 aa  64.7  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.320363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5875  homocitrate synthase  26.27 
 
 
379 aa  64.3  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295774  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2612  pyruvate carboxyltransferase  28.4 
 
 
455 aa  63.9  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  29.66 
 
 
514 aa  63.5  0.000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.196798 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3254  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  26.21 
 
 
337 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7741  homocitrate synthase  36.26 
 
 
378 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.508656  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  26.67 
 
 
405 aa  63.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4224  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  23.32 
 
 
363 aa  63.5  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0376  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.21 
 
 
337 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1158  trans-homoaconitate synthase  29.51 
 
 
386 aa  63.2  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2325  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.44 
 
 
338 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  25.1 
 
 
376 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4659  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  23.32 
 
 
353 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.890029  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3273  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.21 
 
 
337 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.651413  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  35.92 
 
 
394 aa  63.2  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4747  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  23.32 
 
 
353 aa  63.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.2534 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3470  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  23.24 
 
 
344 aa  62.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0590543  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0534  2-isopropylmalate synthase  30.43 
 
 
524 aa  62.8  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1984  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.44 
 
 
337 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1390  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  31.06 
 
 
339 aa  62.4  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5823  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.44 
 
 
340 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.821912  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  34.44 
 
 
507 aa  62.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15130  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  26.61 
 
 
339 aa  62.4  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  35.63 
 
 
503 aa  62  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2317  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  37.08 
 
 
528 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000168455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0995  2-isopropylmalate synthase  21.67 
 
 
381 aa  62  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3546  4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase  25.57 
 
 
340 aa  62  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.113442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>