45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0850 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  47.31 
 
 		 858 aa  750    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 877 aa  1816    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  33.82 
 
 		 864 aa  428  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  31.6 
 
 		 890 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  32.37 
 
 		 899 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  32.69 
 
 		 898 aa  369  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  35.24 
 
 		 892 aa  240  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  35.42 
 
 		 902 aa  239  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  30.71 
 
 		 885 aa  229  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  31.87 
 
 		 881 aa  213  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  31.38 
 
 		 835 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  26.05 
 
 		 767 aa  86.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  23.88 
 
 		 840 aa  77.4  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  22.45 
 
 		 729 aa  65.5  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  24.15 
 
 		 930 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  22.7 
 
 		 894 aa  62.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  22.22 
 
 		 896 aa  62  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  22.69 
 
 		 923 aa  59.7  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  22.96 
 
 		 893 aa  58.5  0.0000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  22.52 
 
 		 907 aa  58.2  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  23.17 
 
 		 912 aa  57.4  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  21.09 
 
 		 736 aa  55.8  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  23.56 
 
 		 867 aa  54.7  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4078  type III restriction enzyme, res subunit  22.45 
 
 		 913 aa  54.7  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.778545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  22.69 
 
 		 911 aa  53.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  23.93 
 
 		 864 aa  52.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  34.62 
 
 		 751 aa  52  0.00005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  22.19 
 
 		 911 aa  52  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  39.62 
 
 		 861 aa  50.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03954  hypothetical protein  24.51 
 
 		 833 aa  49.3  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  26.29 
 
 		 1010 aa  49.3  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0226  type III restriction protein res subunit  27.68 
 
 		 887 aa  48.9  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000256753 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  21.84 
 
 		 882 aa  48.1  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0505  hypothetical protein  39.76 
 
 		 80 aa  48.1  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.946361  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  23.49 
 
 		 967 aa  48.1  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  24.78 
 
 		 1054 aa  47.8  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  25 
 
 		 891 aa  46.6  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0365  type III restriction protein res subunit  24.53 
 
 		 978 aa  46.2  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000898416 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0174  type III restriction protein, res subunit  24.77 
 
 		 949 aa  45.8  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  24.54 
 
 		 1033 aa  45.8  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  22.94 
 
 		 953 aa  45.1  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  22.94 
 
 		 953 aa  45.1  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  24.2 
 
 		 949 aa  45.1  0.006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  24.3 
 
 		 974 aa  44.7  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  35.53 
 
 		 1076 aa  44.7  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>