More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0605 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 325 aa  671    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  54.52 
 
 		 327 aa  357  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  42.81 
 
 		 313 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  37.82 
 
 		 321 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  38.01 
 
 		 323 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  42.72 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  38.85 
 
 		 307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  38.63 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  38.29 
 
 		 327 aa  195  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  37.54 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  37.73 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  37.73 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  37.73 
 
 		 317 aa  193  4e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  37.73 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  37.42 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 		 328 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  37.65 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  38.2 
 
 		 336 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  37.85 
 
 		 318 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  39.25 
 
 		 323 aa  186  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  37.58 
 
 		 318 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  35.69 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  35.15 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  38.87 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  37.03 
 
 		 318 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  34.78 
 
 		 320 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  36.25 
 
 		 328 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  35.56 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  37.07 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  39.12 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  36.88 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  36.11 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  36.88 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  35.14 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  34.07 
 
 		 329 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  34.73 
 
 		 308 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  36.79 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  36.23 
 
 		 319 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  37.46 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  33.85 
 
 		 317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  34.86 
 
 		 353 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  37.99 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  34.07 
 
 		 329 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  36.59 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  36.83 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  37.66 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  34.46 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  35.26 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  34.38 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  34.82 
 
 		 318 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  33.23 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  36.7 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  35.83 
 
 		 321 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  34.81 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  33.12 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  32.48 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  33.65 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  37.26 
 
 		 311 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  35.52 
 
 		 324 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  38.15 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  34.72 
 
 		 328 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  35.53 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  35.53 
 
 		 330 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  35.5 
 
 		 340 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  34.91 
 
 		 328 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0689  anti-FecI sigma factor, FecR  33.13 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  31.78 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  35.17 
 
 		 356 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  31.46 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  32.2 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  33.44 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 316 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  33.96 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  33.33 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  32.7 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  33.43 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  37.72 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  32.49 
 
 		 311 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  32.38 
 
 		 318 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  30.91 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  34.07 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  34.07 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  34.07 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  31.89 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  33.86 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0691  anti-FecI sigma factor, FecR  31.13 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  32.16 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  32.62 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17700  anti-sigma factor, FecR family  32.23 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  38.21 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  38.14 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2302  anti-FecI sigma factor, FecR  31.97 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.473605  normal  0.152451 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  38.14 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  38.03 
 
 		 320 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0859  anti-FecI sigma factor, FecR  33.13 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0845  anti-FecI sigma factor, FecR  31.6 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.981282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  31.23 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>