76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4928 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4928  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 268 aa  544  1e-154  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6143  xylose isomerase domain-containing protein  60.38 
 
 		 288 aa  312  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.536999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  57.58 
 
 		 308 aa  305  4.0000000000000004e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  59.02 
 
 		 270 aa  302  4.0000000000000003e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  58.11 
 
 		 272 aa  298  5e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0407  xylose isomerase domain-containing protein  59.3 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0077  xylose isomerase domain-containing protein  53.79 
 
 		 281 aa  284  9e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0340  xylose isomerase domain-containing protein  57.53 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.73 
 
 		 294 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  51.7 
 
 		 305 aa  278  6e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0679  xylose isomerase domain-containing protein  52.35 
 
 		 281 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.419765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0659  xylose isomerase domain-containing protein  52.35 
 
 		 281 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.748247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0666  xylose isomerase-like TIM barrel  52.35 
 
 		 281 aa  275  6e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5002  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.87 
 
 		 312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0821356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  52.35 
 
 		 281 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0658  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  52.4 
 
 		 280 aa  273  2.0000000000000002e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  56.15 
 
 		 272 aa  273  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00570  sugar phosphate isomerase/epimerase  51.54 
 
 		 294 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.170304 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5758  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  54.26 
 
 		 263 aa  268  8.999999999999999e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.625631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  50.72 
 
 		 280 aa  264  1e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1001  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.62 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8356  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.18 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  53.64 
 
 		 266 aa  262  4.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0476  xylose isomerase domain-containing protein  49.42 
 
 		 262 aa  250  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  51.53 
 
 		 265 aa  248  5e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  50.39 
 
 		 278 aa  247  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.78 
 
 		 287 aa  236  4e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0185  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.09 
 
 		 284 aa  234  9e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24530  sugar phosphate isomerase/epimerase  50.59 
 
 		 261 aa  228  1e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.482145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  45.31 
 
 		 325 aa  226  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18060  sugar phosphate isomerase/epimerase  45.7 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.28 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2704  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000134824 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1512  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 263 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.92 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03175  hypothetical protein  22.92 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03223  predicted isomerase  22.92 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3568  fructoselysine 3-epimerase  22.92 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3842  fructoselysine 3-epimerase  22.92 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4684  fructoselysine 3-epimerase  22.92 
 
 		 275 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3750  fructoselysine 3-epimerase  22.92 
 
 		 276 aa  68.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0340  fructoselysine 3-epimerase  22.92 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.452792 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3029  xylose isomerase-like TIM barrel  24.15 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.599496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  27.41 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0975  xylose isomerase domain-containing protein  24.07 
 
 		 269 aa  61.6  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000320481  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0516  hypothetical protein  23.68 
 
 		 263 aa  60.8  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0218037  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 		 273 aa  55.5  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  21.76 
 
 		 264 aa  55.1  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.7 
 
 		 604 aa  54.3  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  26.72 
 
 		 275 aa  53.1  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.86 
 
 		 270 aa  53.1  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.74 
 
 		 274 aa  52.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2524  xylose isomerase domain-containing protein  31.71 
 
 		 287 aa  51.6  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  25.43 
 
 		 257 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  22.63 
 
 		 268 aa  50.4  0.00003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  34.29 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1807  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.12 
 
 		 277 aa  48.9  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  25 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  32.28 
 
 		 244 aa  46.6  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.14 
 
 		 258 aa  45.8  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.1 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.52 
 
 		 615 aa  45.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.6 
 
 		 324 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.719196  hitchhiker  0.00235403 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2842  Hydroxypyruvate isomerase  33.33 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0814661  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.34 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1498  xylose isomerase domain-containing protein  22.93 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000000176809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  32.47 
 
 		 287 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1649  AP endonuclease  21.05 
 
 		 262 aa  43.9  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00681404  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3944  AP endonuclease  38.57 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0718494  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  26.18 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.14 
 
 		 258 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.46 
 
 		 276 aa  42.7  0.006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  24.7 
 
 		 242 aa  42.4  0.008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.05 
 
 		 256 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 		 275 aa  42.4  0.008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>