More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3243 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3243  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 344 aa  697    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2027  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  61.67 
 
 		 346 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.571384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  61.56 
 
 		 373 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  61.4 
 
 		 346 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  60.69 
 
 		 360 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.6 
 
 		 350 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1962  transcriptional regulator, LacI family  47.52 
 
 		 352 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4598  transcriptional regulator, LacI family  46.94 
 
 		 367 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3715  transcriptional regulator, LacI family  41.16 
 
 		 329 aa  229  4e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000372976 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0429  LacI family transcription regulator  40.23 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75563  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7045  LacI family transcription regulator  40.35 
 
 		 340 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002664  LacI-family regulatory protein  37.14 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17860  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 339 aa  215  8e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.6068  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3799  transcriptional regulator, LacI family  39.44 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0397  LacI family transcription regulator  38.35 
 
 		 371 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3846  transcriptional regulator, LacI family  38.15 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00500845  normal  0.20128 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7053  LacI family transcription regulator  37.9 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2507  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  33.75 
 
 		 338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.445797  normal  0.20531 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 		 361 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0052  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2894  transcriptional regulator, LacI family  35.96 
 
 		 350 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3139  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0779  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 339 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0707  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2898  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7040  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0313  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3267  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.84 
 
 		 353 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.01 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.51 
 
 		 339 aa  166  6.9999999999999995e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 		 368 aa  162  6e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  35.11 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1359  LacI family transcription regulator  34.37 
 
 		 350 aa  156  6e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.343694 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 341 aa  153  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.95 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  31.18 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.57 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.64 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  35.99 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.27 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.9 
 
 		 334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  32.38 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  28.7 
 
 		 333 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.03 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.03 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  34.21 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 335 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.33 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  32.8 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  31.12 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  34.17 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0125  LacI family response repressor  30.7 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.258556  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.59 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.59 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.08 
 
 		 353 aa  143  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.02 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.75 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1481  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.59 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.28 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2808  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0294888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.86 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.06 
 
 		 347 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0819  transcriptional regulator, LacI family  34.97 
 
 		 348 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.33 
 
 		 331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  30.89 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  30.89 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.35 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  30.89 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  32.38 
 
 		 328 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.86 
 
 		 333 aa  139  7e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0233  regulatory protein LacI  31.56 
 
 		 349 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.79 
 
 		 335 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 379 aa  139  8.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.38 
 
 		 342 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0477  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 352 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 338 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  34.07 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.3 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.3 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.54 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  30.57 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  30.57 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  30.57 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  31.43 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  29.51 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.3 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.54 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.3 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 336 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.3 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.3 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>