More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2808 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2808  LacI family transcription regulator  100 
 
 
345 aa  701    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0294888  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2606  transcriptional regulator  43.6 
 
 
348 aa  268  8e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  41.01 
 
 
353 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  35.07 
 
 
340 aa  203  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.07 
 
 
336 aa  187  2e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 
353 aa  187  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.62 
 
 
337 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.86 
 
 
341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3632  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 
340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 
337 aa  182  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 
348 aa  182  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  36.41 
 
 
337 aa  181  1e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  35.07 
 
 
335 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.67 
 
 
330 aa  181  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.05 
 
 
333 aa  180  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  35.09 
 
 
368 aa  177  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.1 
 
 
335 aa  176  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  34.77 
 
 
341 aa  176  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.8 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  33.62 
 
 
339 aa  173  2.9999999999999996e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.66 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  33.92 
 
 
336 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.38 
 
 
332 aa  171  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  30.9 
 
 
340 aa  172  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  33.62 
 
 
339 aa  172  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 
336 aa  171  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 
342 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.09 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.09 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.09 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.81 
 
 
332 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.44 
 
 
347 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 
339 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2793  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 
321 aa  169  5e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.184436 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 
337 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  31.81 
 
 
332 aa  169  8e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  31.81 
 
 
332 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  31.81 
 
 
332 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  31.81 
 
 
332 aa  168  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32 
 
 
333 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.99 
 
 
334 aa  166  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
352 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.3 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  33.01 
 
 
339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 
339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.26 
 
 
334 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  31.29 
 
 
340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  30.81 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.7 
 
 
346 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.52 
 
 
334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  36.54 
 
 
337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 
346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.26 
 
 
341 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 
334 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
337 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 
335 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.72 
 
 
334 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 
355 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1732  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 
340 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521835  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.72 
 
 
341 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.72 
 
 
341 aa  160  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.72 
 
 
341 aa  160  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  31.59 
 
 
340 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 
336 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.95 
 
 
343 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2335  LacI family transcription regulator  34.63 
 
 
337 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.77 
 
 
333 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  30.11 
 
 
351 aa  159  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0229  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 
358 aa  159  9e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.720422  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  33.53 
 
 
338 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.05 
 
 
333 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0549  Alanine racemase  30.64 
 
 
340 aa  158  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.275696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 
334 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 
334 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1128  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 
361 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  32.28 
 
 
334 aa  158  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.72 
 
 
341 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1812  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 
331 aa  157  3e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000564911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.01 
 
 
341 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 
336 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.58 
 
 
341 aa  157  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  30.48 
 
 
340 aa  156  4e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 
386 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16200  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 
336 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00346268  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 
347 aa  156  5.0000000000000005e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2649  LacI family transcription regulator  33.8 
 
 
337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 
332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  31.88 
 
 
337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.94 
 
 
341 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 
343 aa  156  6e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>