More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Huta_2828 on replicon NC_013158
Organism: Halorhabdus utahensis DSM 12940



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013158  Huta_2828  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
64 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.272905  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
69 aa  120  8e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  92.06 
 
 
64 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  90.62 
 
 
64 aa  119  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  117  7e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
64 aa  117  7.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  114  5e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  114  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  85.94 
 
 
64 aa  113  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 
64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0339  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  111  4.0000000000000004e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.219193 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1326  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
64 aa  110  7.000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.706189  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
65 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  79.37 
 
 
64 aa  108  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  80.95 
 
 
64 aa  107  6e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0661  cold-shock DNA-binding domain protein  79.37 
 
 
64 aa  107  6e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.90481  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  80.95 
 
 
64 aa  105  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2827  cold-shock DNA-binding domain protein  95.31 
 
 
64 aa  103  9e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.433406  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  76.19 
 
 
64 aa  101  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3576  cold-shock DNA-binding domain protein  92.19 
 
 
64 aa  97.4  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1630  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 
68 aa  95.5  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.686511  normal  0.327142 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0386  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 
78 aa  87  8e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.659141  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  50.75 
 
 
67 aa  67.4  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  50.77 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  47.69 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1777  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2387  cold shock protein CspA  49.23 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000343372  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2944  cold shock protein CspA  49.23 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000190383  hitchhiker  0.00000000328218 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  47.76 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.73 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  44.78 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1250  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
71 aa  61.6  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.124236  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4972  cold shock protein CspD  51.52 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.69 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  46.88 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1504  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
72 aa  61.6  0.000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  43.08 
 
 
70 aa  61.6  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  46.88 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  46.88 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2904  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 
71 aa  61.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0532076  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
66 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  48.44 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  46.88 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.88 
 
 
77 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  43.08 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  49.25 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0777  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
68 aa  60.8  0.000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2236  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000182228  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  46.27 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1232  cold shock protein CspA  48.48 
 
 
67 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000325579  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.94 
 
 
67 aa  60.8  0.000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  45.31 
 
 
69 aa  60.5  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  45.31 
 
 
69 aa  60.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  45.31 
 
 
69 aa  60.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  42.19 
 
 
64 aa  60.5  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
69 aa  60.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.532688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>