More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_1986 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_1986  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 
64 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.320623 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1312  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.632587 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0554  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  119  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0647  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
69 aa  118  3e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2592  cold-shock DNA-binding domain protein  90.48 
 
 
64 aa  117  6e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  decreased coverage  0.00103043  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
64 aa  116  9e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0430  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
64 aa  116  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1585  cold-shock DNA-binding domain protein  87.5 
 
 
64 aa  115  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  84.38 
 
 
64 aa  113  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1855  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  112  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1549  cold-shock DNA-binding domain protein  82.81 
 
 
64 aa  111  3e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2850  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
65 aa  112  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0661  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  111  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.90481  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  81.25 
 
 
64 aa  110  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0339  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  110  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.219193 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0048  cold-shock DNA-binding domain protein  84.13 
 
 
64 aa  110  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.152198  hitchhiker  0.00109076 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1326  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
64 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.706189  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3545  cold-shock DNA-binding domain protein  82.54 
 
 
64 aa  108  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1421  cold-shock DNA-binding domain protein  80.95 
 
 
64 aa  105  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2827  cold-shock DNA-binding domain protein  90.62 
 
 
64 aa  100  8e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.433406  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1630  cold-shock DNA-binding domain protein  80.6 
 
 
68 aa  99  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.686511  normal  0.327142 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2828  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  97.8  5e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.272905  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3576  cold-shock DNA-binding domain protein  89.06 
 
 
64 aa  97.1  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0386  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 
78 aa  88.6  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.659141  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0493  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.03 
 
 
66 aa  73.6  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.156279  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1440  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
67 aa  72.4  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  49.23 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  47.76 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2200  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.24 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000689795  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16470  putative cold-shock DNA-binding domain protein  52.24 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.463030000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2370  cold shock proteins  50.75 
 
 
66 aa  63.9  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.71289e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  47.69 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.75 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.88 
 
 
70 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1720  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.146917  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1512  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0532666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1484  cold shock protein  52.31 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00463121  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3679  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.844549  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1474  cold shock protein  52.31 
 
 
65 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.259968  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1629  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.76 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2038  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1452  cold shock protein  55.38 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00528727  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1365  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000234098  normal  0.0150165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1478  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000112944  normal  0.636634 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1771  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.674817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.27 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2393  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  63.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1666  cold shock protein CspB  52.31 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  50.77 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1327  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.31 
 
 
65 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00843058  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  50.77 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.78 
 
 
67 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  46.15 
 
 
69 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  45.31 
 
 
70 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  45.31 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  46.15 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.78 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1584  cold-shock DNA-binding protein family  46.27 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000297873  unclonable  9.08249e-24 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  47.69 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  44.78 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2146  cold-shock DNA-binding domain protein  47.76 
 
 
66 aa  61.6  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1697  cold shock protein CspB  50.77 
 
 
65 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1517  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 
65 aa  61.6  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  50 
 
 
67 aa  60.8  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.69 
 
 
68 aa  61.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00070927  normal  0.594986 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>