More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4053 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  75.7 
 
 		 462 aa  714    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0185  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  77.25 
 
 		 468 aa  730    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.08009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2256  isopropylmalate isomerase large subunit  71.4 
 
 		 484 aa  712    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000783708 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3215  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  73.62 
 
 		 477 aa  710    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.056695  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  77.42 
 
 		 465 aa  711    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13003  isopropylmalate isomerase large subunit  75.7 
 
 		 473 aa  730    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6006  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  77.61 
 
 		 472 aa  728    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519027  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  76.34 
 
 		 459 aa  725    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  76.13 
 
 		 465 aa  731    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  72.15 
 
 		 481 aa  698    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  74.46 
 
 		 470 aa  722    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  76.32 
 
 		 481 aa  742    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  100 
 
 		 474 aa  959    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  78.22 
 
 		 481 aa  755    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1258  isopropylmalate isomerase large subunit  72.78 
 
 		 481 aa  703    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55744  normal  0.382246 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3621  isopropylmalate isomerase large subunit  75.7 
 
 		 465 aa  705    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.766514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8049  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  76.23 
 
 		 468 aa  732    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  69.65 
 
 		 469 aa  662    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  72.4 
 
 		 479 aa  697    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.35 
 
 		 493 aa  709    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  79.09 
 
 		 471 aa  744    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2848  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  72.9 
 
 		 481 aa  700    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  76.32 
 
 		 481 aa  741    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0278  isopropylmalate isomerase large subunit  66.81 
 
 		 469 aa  647    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1358  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  71.76 
 
 		 477 aa  699    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  78.71 
 
 		 465 aa  758    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  75.16 
 
 		 479 aa  726    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.9 
 
 		 486 aa  737    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  72.15 
 
 		 484 aa  706    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.46 
 
 		 517 aa  714    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  78.62 
 
 		 473 aa  739    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3298  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.41 
 
 		 471 aa  735    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.405916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  76.32 
 
 		 481 aa  741    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  76.32 
 
 		 481 aa  744    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  72.49 
 
 		 484 aa  695    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  74.84 
 
 		 487 aa  725    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1534  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  69.31 
 
 		 468 aa  634  1e-180  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.706683  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1596  isopropylmalate isomerase large subunit  67.02 
 
 		 467 aa  628  1e-179  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  64.09 
 
 		 472 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  63.83 
 
 		 470 aa  601  1e-170  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  64.41 
 
 		 468 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  63.18 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.18 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  62.93 
 
 		 471 aa  593  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 466 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 466 aa  592  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  64.64 
 
 		 480 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  64.64 
 
 		 469 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  63.18 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  63.18 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  63.18 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  62.26 
 
 		 477 aa  589  1e-167  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  60.77 
 
 		 471 aa  589  1e-167  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  61.19 
 
 		 471 aa  585  1e-166  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 466 aa  587  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  63.32 
 
 		 470 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  63.97 
 
 		 473 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  63.54 
 
 		 470 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  64.63 
 
 		 470 aa  585  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 466 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.87 
 
 		 466 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3550  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.69 
 
 		 456 aa  582  1.0000000000000001e-165  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  63.54 
 
 		 469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  61.67 
 
 		 472 aa  581  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  63.32 
 
 		 469 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  63.54 
 
 		 468 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  61.22 
 
 		 466 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  61.22 
 
 		 466 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  63.76 
 
 		 470 aa  578  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  62.66 
 
 		 470 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  62.96 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  61.74 
 
 		 466 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  62.45 
 
 		 468 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.48 
 
 		 473 aa  573  1.0000000000000001e-162  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  62.47 
 
 		 475 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  61.37 
 
 		 474 aa  572  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  62.75 
 
 		 469 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  62.09 
 
 		 469 aa  570  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  61.05 
 
 		 476 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  60.57 
 
 		 466 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  62.83 
 
 		 472 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  61.05 
 
 		 476 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.13 
 
 		 468 aa  568  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  62.05 
 
 		 475 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  61.05 
 
 		 476 aa  569  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  60.61 
 
 		 469 aa  570  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  61.87 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.13 
 
 		 470 aa  568  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  60.57 
 
 		 466 aa  567  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  59.62 
 
 		 762 aa  566  1e-160  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  59.96 
 
 		 466 aa  565  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.13 
 
 		 466 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>