More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2588 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2588  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  100 
 
 
452 aa  926    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.896583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3566  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  67.11 
 
 
452 aa  596  1e-169  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1896  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.26 
 
 
452 aa  585  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.447671  decreased coverage  0.00000000000000861122 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0515  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.24 
 
 
463 aa  317  2e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.023508  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0846  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.69 
 
 
465 aa  295  1e-78  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2536  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.89 
 
 
459 aa  289  6e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2502  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.72 
 
 
459 aa  288  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2549  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.05 
 
 
471 aa  288  1e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2585  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.5 
 
 
459 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.295349  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2773  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.5 
 
 
459 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3520  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.57 
 
 
602 aa  288  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.501053  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2180  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.2 
 
 
585 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000695519  hitchhiker  0.00000000000000384983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1439  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.31 
 
 
469 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2822  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.28 
 
 
459 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0920611  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2575  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.66 
 
 
459 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0023205  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2782  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.5 
 
 
459 aa  281  1e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2801  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.28 
 
 
459 aa  281  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2776  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.62 
 
 
459 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0539747 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1045  dihydrolipoamide dehydrogenase  38.08 
 
 
469 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.722929 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2511  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.28 
 
 
459 aa  276  7e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.136342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2965  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.82 
 
 
680 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155449  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03103  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.57 
 
 
607 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4513  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.27 
 
 
465 aa  275  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173943  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1911  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.05 
 
 
603 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00687521  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2479  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.5 
 
 
467 aa  273  3e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1763  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.72 
 
 
459 aa  273  3e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.733287  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6035  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.08 
 
 
466 aa  273  4.0000000000000004e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2179  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.26 
 
 
468 aa  273  7e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1981  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.84 
 
 
603 aa  271  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.01171  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06220  Dihydrolipoyl dehydrogenase  36.04 
 
 
468 aa  270  4e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6299  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.87 
 
 
625 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0179219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0264  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.92 
 
 
473 aa  268  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3001  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.51 
 
 
462 aa  268  1e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0472874  normal  0.642083 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2832  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.34 
 
 
463 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0398  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.96 
 
 
467 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.175439 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2155  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.84 
 
 
465 aa  266  5e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3995  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.32 
 
 
465 aa  265  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0162306  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1241  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
599 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1830  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
466 aa  264  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803775  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7193  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
619 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2076  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.28 
 
 
588 aa  264  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2323  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.76 
 
 
467 aa  264  2e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123763  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1096  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.37 
 
 
464 aa  263  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0180  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.75 
 
 
467 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6263  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
468 aa  262  8e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.202471 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4074  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.11 
 
 
461 aa  261  1e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000295431  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5151  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.55 
 
 
465 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0369329  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0159  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.34 
 
 
467 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.659898  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0365  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.45 
 
 
458 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1878  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
466 aa  261  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.932595  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1086  dihydrolipoyl dehydrogenase (dihydrolipoamide dehydrogenase)  33.85 
 
 
464 aa  261  2e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.912162  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2352  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
467 aa  261  2e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.357235  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0955  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.76 
 
 
470 aa  260  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.205743  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1614  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.29 
 
 
464 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0956162 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3854  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.55 
 
 
475 aa  260  4e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.075768  hitchhiker  0.000000345632 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3705  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.11 
 
 
468 aa  260  4e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4805  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.21 
 
 
477 aa  259  5.0000000000000005e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0537  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.16 
 
 
480 aa  259  5.0000000000000005e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0608  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.63 
 
 
458 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2968  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.29 
 
 
468 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.462781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3352  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.29 
 
 
474 aa  259  6e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000157637  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1365  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
465 aa  259  6e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0890108  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3911  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.55 
 
 
475 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000450783  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2133  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.81 
 
 
467 aa  259  7e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.191316  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1276  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.92 
 
 
478 aa  259  7e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0924333  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3360  dihydrolipoyl dehydrogenanse  35.9 
 
 
466 aa  259  9e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0306833 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3710  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.89 
 
 
467 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0183  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
467 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0377  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.97 
 
 
476 aa  258  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349282 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1972  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.41 
 
 
474 aa  258  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2623  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.41 
 
 
475 aa  258  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1847  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.14 
 
 
467 aa  258  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0173545  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4052  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
475 aa  257  3e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00676379  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1719  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.12 
 
 
476 aa  257  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3415  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
475 aa  256  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000233503  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1918  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.14 
 
 
467 aa  256  5e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.646629  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0571  dihydrolipoyl dehydrogenase, E3 component of pyruvate dehydrogenases complex  34.35 
 
 
474 aa  256  5e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3197  dihydrolipoamide dehydrogenase  36.05 
 
 
605 aa  256  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2766  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
473 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2807  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.19 
 
 
473 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.831058 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1237  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
465 aa  256  5e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319499  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1612  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.35 
 
 
474 aa  256  6e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3815  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.42 
 
 
468 aa  256  7e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.585527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3932  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.11 
 
 
475 aa  256  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000133391  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0454  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.84 
 
 
470 aa  256  8e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0274  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
467 aa  256  9e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499041  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3609  dihydrolipoamide dehydrogenase  35.09 
 
 
469 aa  255  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40318  normal  0.0347499 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0440  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.62 
 
 
591 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.46872  normal  0.0861409 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2306  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.7 
 
 
473 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11020  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.75 
 
 
465 aa  255  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.874516 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0230  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.6 
 
 
454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.247688  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0550  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.87 
 
 
467 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00865571  normal  0.262982 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2645  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
459 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0617764  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1689  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.93 
 
 
462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.08159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3205  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.33 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169727  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0425  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.85 
 
 
467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1582  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.92 
 
 
467 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0938  dihydrolipoamide dehydrogenase  37.04 
 
 
471 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03462  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.75 
 
 
476 aa  254  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63850  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
467 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>