More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0742 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  100 
 
 		 478 aa  933    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  72.78 
 
 		 477 aa  668    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  78.87 
 
 		 478 aa  739    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  71.07 
 
 		 477 aa  667    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  72.57 
 
 		 477 aa  661    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  71.62 
 
 		 477 aa  641    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  76.03 
 
 		 479 aa  624  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  67.09 
 
 		 477 aa  548  1e-155  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  60.22 
 
 		 476 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  60.22 
 
 		 476 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  60.67 
 
 		 476 aa  477  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  59.41 
 
 		 477 aa  455  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  44.11 
 
 		 478 aa  341  2e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  42.83 
 
 		 480 aa  337  1.9999999999999998e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  42.83 
 
 		 497 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  36.84 
 
 		 470 aa  280  5e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.59 
 
 		 495 aa  263  6.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  35.46 
 
 		 484 aa  261  1e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  33.77 
 
 		 480 aa  251  2e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  36.97 
 
 		 495 aa  241  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  38.68 
 
 		 499 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  35.66 
 
 		 521 aa  239  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  35.2 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  35.2 
 
 		 526 aa  239  1e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.18 
 
 		 489 aa  238  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  34.97 
 
 		 526 aa  237  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  34.97 
 
 		 526 aa  237  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  34.97 
 
 		 526 aa  237  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  34.71 
 
 		 512 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  32.57 
 
 		 491 aa  235  1.0000000000000001e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  33.64 
 
 		 493 aa  234  3e-60  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  35.43 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  37.5 
 
 		 491 aa  230  3e-59  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.86 
 
 		 492 aa  230  4e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  37.33 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.95 
 
 		 533 aa  222  9.999999999999999e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  36.02 
 
 		 506 aa  216  7e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  36.13 
 
 		 553 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  36.98 
 
 		 538 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.8 
 
 		 489 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  31.88 
 
 		 491 aa  212  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  31.38 
 
 		 483 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  37.1 
 
 		 493 aa  210  4e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  31.87 
 
 		 483 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  34.89 
 
 		 488 aa  203  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  31.87 
 
 		 486 aa  200  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  31.33 
 
 		 481 aa  199  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  34.75 
 
 		 484 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  37.61 
 
 		 512 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  31.87 
 
 		 483 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  32.32 
 
 		 487 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  41.91 
 
 		 483 aa  193  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  41.91 
 
 		 483 aa  193  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  35.25 
 
 		 484 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  35.25 
 
 		 484 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  33.25 
 
 		 484 aa  192  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  37.31 
 
 		 428 aa  188  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.81 
 
 		 537 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  34.58 
 
 		 486 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  34.58 
 
 		 486 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  34.58 
 
 		 486 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  34.29 
 
 		 463 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  34.19 
 
 		 486 aa  183  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  32.92 
 
 		 486 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  34.29 
 
 		 486 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  32.96 
 
 		 482 aa  181  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3279  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.79 
 
 		 480 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.621261  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  34.88 
 
 		 488 aa  171  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  34 
 
 		 531 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  43.77 
 
 		 572 aa  160  5e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.09 
 
 		 440 aa  156  6e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  31.23 
 
 		 494 aa  155  2e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  30.42 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  32.55 
 
 		 499 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  32.43 
 
 		 489 aa  153  8e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  33.82 
 
 		 493 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  31.42 
 
 		 671 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.02 
 
 		 448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  31.18 
 
 		 748 aa  139  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  32.68 
 
 		 673 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  30.27 
 
 		 672 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  30.77 
 
 		 672 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  30.02 
 
 		 672 aa  134  5e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  30.02 
 
 		 672 aa  133  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  30.02 
 
 		 672 aa  133  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  30.02 
 
 		 672 aa  133  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.12 
 
 		 650 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.71 
 
 		 662 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  30.37 
 
 		 1253 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  29.11 
 
 		 655 aa  125  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0380  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.32 
 
 		 472 aa  125  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000000000595488  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  29.4 
 
 		 649 aa  125  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  31.64 
 
 		 577 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  28.26 
 
 		 1265 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  28.33 
 
 		 672 aa  124  3e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  34.54 
 
 		 666 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.47 
 
 		 507 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  30.64 
 
 		 669 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  27.41 
 
 		 431 aa  124  4e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.37 
 
 		 659 aa  124  5e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>