More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3963 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3963  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  620  1e-176  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1931  LysR family transcriptional regulator  78.03 
 
 		 347 aa  474  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.846594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2250  LysR family transcriptional regulator  73.77 
 
 		 320 aa  449  1e-125  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199653  normal  0.0159949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3941  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 337 aa  303  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.140438  decreased coverage  0.00710998 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 296 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  35.47 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.25 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 299 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.25 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.25 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.25 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.25 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  38.33 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  38.33 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  38.33 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  41.07 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 300 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.81 
 
 		 297 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 302 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  36.62 
 
 		 304 aa  138  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.58 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.44 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 298 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  35.59 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  36.99 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  36.99 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  36.99 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>