More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2420 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2420  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  555  1e-157  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.133265  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2022  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 293 aa  389  1e-107  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4105  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4311  transcriptional regulator, LysR family  43.91 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1802  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  33.9 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  33.9 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  33.9 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  33.9 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  33.9 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  33.9 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  33.9 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.47 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.47 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.47 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.47 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.47 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  34.31 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  34.31 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 284 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2854  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 281 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 283 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3222  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 284 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  30.69 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 284 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3751  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 285 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.657019  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4891  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0719515  hitchhiker  0.000498702 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2512  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4303  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3324  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 285 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4173  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 285 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486801  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4193  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 285 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.831327  normal  0.593913 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0991  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 286 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 283 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1830  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.300013 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2242  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478296  normal  0.0538104 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 285 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 286 aa  102  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 283 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 288 aa  100  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.93 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6616  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.35 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 321 aa  99.8  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 286 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3907  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4369  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 289 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 309 aa  99  7e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 293 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 284 aa  99.4  7e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 292 aa  99  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 298 aa  99  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  33.2 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>