75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_F0010 on replicon NC_009786
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  100 
 
 		 93 aa  192  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  58.7 
 
 		 95 aa  118  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 94 aa  80.1  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 94 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  40 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  40 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  36.56 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  36.56 
 
 		 95 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 116 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  42.68 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 95 aa  57  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  43.66 
 
 		 105 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  37.35 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  28.89 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  27.78 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0627  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.845219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  43.59 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  36 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  40.38 
 
 		 516 aa  46.2  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 200 aa  46.2  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  34.33 
 
 		 149 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  39.29 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 135 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 117 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  43.9  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  32.05 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  32.05 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 134 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  41.6  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2651  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 112 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.524838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 142 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 206 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  27.16 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  40.8  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  40.8  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 200 aa  40.4  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>