150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1936 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
494 aa  1001    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  65.49 
 
 
473 aa  585  1e-166  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  58.14 
 
 
487 aa  496  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.97 
 
 
447 aa  436  1e-121  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.05 
 
 
452 aa  432  1e-120  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  45.91 
 
 
462 aa  433  1e-120  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.42 
 
 
450 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  49.58 
 
 
459 aa  429  1e-119  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.23 
 
 
451 aa  426  1e-118  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  48.35 
 
 
468 aa  422  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.64 
 
 
469 aa  421  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  50 
 
 
461 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  44.47 
 
 
495 aa  394  1e-108  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  42.89 
 
 
506 aa  342  7e-93  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.69 
 
 
466 aa  321  1.9999999999999998e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  42.16 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  41.48 
 
 
468 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  41.87 
 
 
477 aa  301  2e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  41.87 
 
 
477 aa  301  2e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 
449 aa  296  4e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.15 
 
 
448 aa  295  2e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.88 
 
 
476 aa  293  7e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  38.32 
 
 
511 aa  290  4e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  39.65 
 
 
446 aa  289  8e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
456 aa  286  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.15 
 
 
465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.18 
 
 
462 aa  282  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.29 
 
 
467 aa  280  6e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.46 
 
 
455 aa  278  1e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.7 
 
 
467 aa  276  6e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.77 
 
 
467 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  34.9 
 
 
453 aa  273  5.000000000000001e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  38.58 
 
 
467 aa  247  3e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.26 
 
 
490 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  35.45 
 
 
493 aa  223  9e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  38.27 
 
 
486 aa  215  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  38.05 
 
 
486 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  34.46 
 
 
496 aa  205  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.21 
 
 
490 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  37.68 
 
 
493 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  34.11 
 
 
843 aa  168  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  39.25 
 
 
104 aa  85.5  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.68 
 
 
479 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.42 
 
 
479 aa  65.9  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.23 
 
 
483 aa  64.3  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.2 
 
 
468 aa  64.3  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.84 
 
 
479 aa  63.9  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.8 
 
 
481 aa  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.74 
 
 
481 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.61 
 
 
478 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  23.36 
 
 
476 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.22 
 
 
479 aa  60.5  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.2 
 
 
483 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.14 
 
 
490 aa  59.7  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.21 
 
 
471 aa  58.9  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0237  deoxyribodipyrimidine photolyase-like  32.63 
 
 
114 aa  58.2  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.969227  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.91 
 
 
475 aa  58.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.74 
 
 
484 aa  58.2  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.91 
 
 
493 aa  57.8  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.36 
 
 
492 aa  57  0.0000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.31 
 
 
486 aa  56.2  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.02 
 
 
513 aa  56.2  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.41 
 
 
484 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.3 
 
 
504 aa  56.2  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.82 
 
 
481 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  24.37 
 
 
474 aa  55.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.46 
 
 
476 aa  54.3  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.84 
 
 
499 aa  54.3  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  21.91 
 
 
476 aa  53.9  0.000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.22 
 
 
475 aa  54.3  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.16 
 
 
470 aa  53.9  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.81 
 
 
469 aa  53.9  0.000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.35 
 
 
481 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.27 
 
 
493 aa  53.9  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.56 
 
 
476 aa  53.9  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  21.78 
 
 
476 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.45 
 
 
468 aa  53.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.87 
 
 
477 aa  52.8  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  24.2 
 
 
469 aa  52.8  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.86 
 
 
452 aa  53.1  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.31 
 
 
478 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.99 
 
 
453 aa  51.6  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.79 
 
 
497 aa  51.6  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  22.34 
 
 
476 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.8 
 
 
477 aa  51.2  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  25.49 
 
 
495 aa  51.2  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.45 
 
 
511 aa  51.2  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.36 
 
 
493 aa  51.2  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
469 aa  50.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.71 
 
 
473 aa  50.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.58 
 
 
499 aa  50.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.89 
 
 
454 aa  50.1  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.84 
 
 
475 aa  49.7  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  20.9 
 
 
477 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.04 
 
 
478 aa  48.9  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.79 
 
 
473 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.38 
 
 
486 aa  48.5  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.24 
 
 
512 aa  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.27 
 
 
477 aa  47.8  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2551  ATPase associated with various cellular activities AAA_3  31.79 
 
 
331 aa  47.8  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>