More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3325 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  76.96 
 
 		 398 aa  636    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  100 
 
 		 422 aa  875    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  64.27 
 
 		 395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  65.97 
 
 		 401 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  66.15 
 
 		 401 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  65.54 
 
 		 406 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  65.04 
 
 		 406 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  64.41 
 
 		 406 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  65.1 
 
 		 391 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  65.45 
 
 		 398 aa  500  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  65.1 
 
 		 391 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  63.43 
 
 		 402 aa  495  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  63.75 
 
 		 406 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  65.1 
 
 		 391 aa  495  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  64.52 
 
 		 406 aa  498  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  61.15 
 
 		 401 aa  488  1e-137  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  61.79 
 
 		 406 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  61.44 
 
 		 414 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  60.1 
 
 		 399 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  61.14 
 
 		 403 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  59.34 
 
 		 413 aa  471  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  57.04 
 
 		 415 aa  469  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  63.13 
 
 		 400 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  60.15 
 
 		 397 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  61.1 
 
 		 397 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  57.51 
 
 		 394 aa  459  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  60.26 
 
 		 397 aa  454  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  60.65 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  52.2 
 
 		 417 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  51.03 
 
 		 396 aa  392  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  51.68 
 
 		 417 aa  391  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  50.51 
 
 		 402 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  48.74 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  48.36 
 
 		 402 aa  372  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  49.75 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  48.1 
 
 		 397 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  48.34 
 
 		 402 aa  368  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  47.57 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  46.61 
 
 		 391 aa  347  3e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  46.42 
 
 		 391 aa  346  5e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  45.45 
 
 		 396 aa  340  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  45.09 
 
 		 396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  45.09 
 
 		 398 aa  333  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  45.45 
 
 		 400 aa  330  3e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  45.81 
 
 		 396 aa  328  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  47.04 
 
 		 396 aa  327  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  46.09 
 
 		 395 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  45.41 
 
 		 396 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  41.51 
 
 		 383 aa  294  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  37.92 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  39.48 
 
 		 395 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  38.34 
 
 		 395 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  38.18 
 
 		 395 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  40.11 
 
 		 384 aa  272  1e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  39.38 
 
 		 393 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  39.58 
 
 		 384 aa  268  1e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  39.84 
 
 		 382 aa  262  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  39.84 
 
 		 382 aa  262  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  39.53 
 
 		 388 aa  258  1e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  36.32 
 
 		 382 aa  257  3e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  38.42 
 
 		 380 aa  257  3e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  37.92 
 
 		 380 aa  256  4e-67  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  37.6 
 
 		 387 aa  256  6e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  37.4 
 
 		 387 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  38.27 
 
 		 382 aa  255  1.0000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  37.22 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  36.58 
 
 		 381 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  36.84 
 
 		 387 aa  253  5.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  37.82 
 
 		 383 aa  249  5e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  36.29 
 
 		 385 aa  249  6e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  37.26 
 
 		 384 aa  249  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  38.12 
 
 		 362 aa  249  8e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  36.54 
 
 		 384 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  40.69 
 
 		 382 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  36.26 
 
 		 382 aa  247  2e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  36.54 
 
 		 384 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  38.83 
 
 		 385 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  37.85 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0257  response regulator receiver protein  37.3 
 
 		 382 aa  245  9.999999999999999e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2090  putative serine--glyoxylate aminotransferase  40.98 
 
 		 418 aa  244  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.71592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  38.12 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  33.95 
 
 		 387 aa  244  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3472  aminotransferase, class V  37.14 
 
 		 396 aa  242  9e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  38.53 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0519  alanine--glyoxylate transaminase  35.54 
 
 		 382 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1389  alanine--glyoxylate transaminase  35.54 
 
 		 382 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  36.36 
 
 		 400 aa  239  5.999999999999999e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1247  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  34.82 
 
 		 382 aa  238  1e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.465201  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  37.09 
 
 		 385 aa  238  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  35.92 
 
 		 386 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  38.95 
 
 		 397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1983  aminotransferase, class V  35.95 
 
 		 404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.441158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1323  alanine--glyoxylate transaminase  34.69 
 
 		 387 aa  231  1e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  37.85 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  37.29 
 
 		 382 aa  226  5.0000000000000005e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1888  aminotransferase, class V  38.42 
 
 		 400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.918879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0245  Serine-pyruvate aminotransferase/aspartate aminotransferase  38.16 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1504  aminotransferase class V  34.41 
 
 		 379 aa  223  4e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  34.04 
 
 		 385 aa  223  7e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0217  Serine--glyoxylate transaminase  33.51 
 
 		 379 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>