More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_332 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0389  heptaprenyl diphosphate synthase component II  95.99 
 
 		 324 aa  640    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0293538  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_332  heptaprenyl diphosphate synthase component II  100 
 
 		 324 aa  663    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00419568  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0369  polyprenyl synthetase  94.14 
 
 		 324 aa  608  1e-173  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000634343  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1365  Polyprenyl synthetase  39.69 
 
 		 322 aa  209  6e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1252  trans-hexaprenyltranstransferase  40.29 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.192713 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  35.8 
 
 		 345 aa  203  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2166  trans-hexaprenyltranstransferase  32.92 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  36.05 
 
 		 322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1262  Trans-hexaprenyltranstransferase  36.16 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  35.84 
 
 		 338 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2149  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.51 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000900813  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  34.47 
 
 		 322 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  36.56 
 
 		 322 aa  192  9e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  35.12 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  37.1 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  35 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  37.16 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1469  polyprenyl synthetase  34.05 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.793711  normal  0.386574 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  36 
 
 		 356 aa  189  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1137  trans-hexaprenyltranstransferase  36.07 
 
 		 323 aa  189  7e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.11534  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  35.93 
 
 		 340 aa  188  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0470  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.51 
 
 		 320 aa  188  9e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_51700  chloroplast Clp protease, subunit of ClpP peptidase complex  36.4 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.653243  hitchhiker  0.00209917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1248  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.47 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  35.51 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  35.41 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4840  solanesyl diphosphate synthase  34.05 
 
 		 323 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.854257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  34.92 
 
 		 341 aa  186  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  35.03 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0157  trans-hexaprenyltranstransferase  34.48 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.5711 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  36.95 
 
 		 338 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  35.2 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06761  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  36.75 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0055  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  36.75 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.827638  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  33.13 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  34.36 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  37.63 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3342  Polyprenyl synthetase  36.45 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000667178  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  33.02 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.94 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  35.86 
 
 		 322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  35.86 
 
 		 322 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  35.42 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  34.16 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  35.08 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  35.48 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  35.48 
 
 		 348 aa  179  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 322 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  35.02 
 
 		 340 aa  179  8e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 322 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  33.44 
 
 		 322 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  32.67 
 
 		 337 aa  179  8e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  37.37 
 
 		 338 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1527  polyprenyl synthetase  37 
 
 		 319 aa  178  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.261183  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1557  polyprenyl synthetase  37 
 
 		 319 aa  178  9e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  35.52 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  35.02 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  37.04 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  34.82 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3361  Polyprenyl synthetase  35.19 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00532412  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1320  trans-hexaprenyltranstransferase  33.21 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.195026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  35.48 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  34.25 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0799  octaprenyl-diphosphate synthase  32.26 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.286745  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  33.89 
 
 		 351 aa  177  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  33.9 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  34.57 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  34.92 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  33.67 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1227  solanesyl diphosphate synthase  34.04 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  33.9 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  37.58 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  33.22 
 
 		 336 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  33.56 
 
 		 323 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  34.16 
 
 		 322 aa  175  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1038  polyprenyl synthetase  36.03 
 
 		 319 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1641  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.54 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0641659  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  33.74 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  39.47 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  31.95 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1738  polyprenyl synthetase family protein  34.53 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000413587  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1424  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.74 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1396  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.74 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0383  solanesyl diphosphate synthase  34.56 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1535  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.74 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0794192  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0618  polyprenyl synthetase; solanesyl diphosphate synthase (sds)  37.32 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  33.79 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  33.64 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0374  solanesyl diphosphate synthase  34.56 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1608  heptaprenyl diphosphate synthase component II  33.74 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241713 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  33.22 
 
 		 370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2362  trans-hexaprenyltranstransferase  33.13 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  33.22 
 
 		 370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  33.22 
 
 		 370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  32.74 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>