More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1471 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  642    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  58.11 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  23.7 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 302 aa  85.9  7e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 316 aa  85.9  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  22.67 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  22 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  22.01 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  22.51 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  23.33 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2747  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437645  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  22.11 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 339 aa  70.1  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  21.4 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  21.4 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 372 aa  69.3  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  24.54 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 302 aa  68.6  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0812  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  24.01 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 316 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  23.6 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  21.38 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  23.23 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0216  LysR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000393101  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2983  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0899022 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 290 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2722  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0910097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6544  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0395202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2424  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  23.08 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  21.21 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06019  transcriptional regulator  24.58 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 330 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  25.75 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  20.93 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1023  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  37.08 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0274  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.89 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.17 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4121  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000919638  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5675  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.716061  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0218  transcriptional regulator, LysR family  26.14 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000934146  normal  0.114496 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2975  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.11 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1115  transcriptional regulator, LysR family  24.12 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  23.89 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>