More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0812 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0812  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  60.75 
 
 
293 aa  368  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
298 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
299 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
298 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
298 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
312 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000270616  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
312 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 
302 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
312 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
299 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000294831  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
299 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106739  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000156139  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.66 
 
 
317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  29.79 
 
 
308 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
308 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.11 
 
 
290 aa  145  9e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.56 
 
 
290 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
308 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
308 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.77 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.87 
 
 
293 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
304 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
297 aa  139  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  31.03 
 
 
291 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
308 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
308 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
296 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 
296 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  30.24 
 
 
308 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.13 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.16 
 
 
290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
301 aa  132  6e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
296 aa  132  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 
317 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
308 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
310 aa  130  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
311 aa  129  6e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
326 aa  129  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
294 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.32 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.83 
 
 
291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  30.94 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 
268 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.19 
 
 
300 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 
305 aa  125  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.58 
 
 
268 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
297 aa  125  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
297 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
296 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  25 
 
 
318 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 
309 aa  122  9e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  27.93 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
300 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  27.49 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.9 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1191  putative transcriptional regulator  26.83 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.51 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
294 aa  117  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  27.4 
 
 
302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
297 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>