More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2293 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2293  methyltransferase GidB  100 
 
 
229 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0848  glucose inhibited division protein  54.63 
 
 
258 aa  211  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0186539 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  47.25 
 
 
218 aa  201  7e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0745  glucose inhibited division protein  46.3 
 
 
232 aa  184  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1318  methyltransferase GidB  38.36 
 
 
219 aa  154  8e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0582047 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1605  glucose inhibited division protein  44.15 
 
 
214 aa  145  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  32.16 
 
 
222 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  32.16 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0016  methyltransferase GidB  30.41 
 
 
222 aa  77.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525658  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  30.1 
 
 
223 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  25.99 
 
 
201 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  29.19 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  33.76 
 
 
206 aa  73.9  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  28.05 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 
208 aa  73.2  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  31.37 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  25.99 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0013  methyltransferase GidB  29.05 
 
 
222 aa  72.4  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000119734  hitchhiker  0.00444257 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2597  methyltransferase GidB  30.73 
 
 
209 aa  71.6  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.059803 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  32 
 
 
205 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  25.57 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  29.41 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  32.12 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  31.37 
 
 
206 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  32.12 
 
 
214 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  31.37 
 
 
206 aa  70.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  30.13 
 
 
214 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  29 
 
 
235 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  25 
 
 
204 aa  69.7  0.00000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1822  16S rRNA methyltransferase GidB  27.54 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  30.67 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  31.28 
 
 
227 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
207 aa  68.2  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
207 aa  68.2  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
207 aa  68.2  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
207 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
207 aa  68.6  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4426  methyltransferase GidB  27.27 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  31.72 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  33.83 
 
 
206 aa  67.8  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  31.67 
 
 
220 aa  68.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 
214 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  30.57 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  33.83 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  30.22 
 
 
228 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  26.35 
 
 
238 aa  67  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  30.57 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  30.81 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  30.57 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  33.57 
 
 
214 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  30.72 
 
 
207 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  32.61 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  27.22 
 
 
237 aa  67  0.0000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  31.29 
 
 
228 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  31.72 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  31.21 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2817  methyltransferase GidB  33.11 
 
 
221 aa  66.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3213  methyltransferase GidB  33.11 
 
 
221 aa  66.6  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  31.29 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  30.26 
 
 
206 aa  65.9  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  27.4 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  27.27 
 
 
214 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  29.25 
 
 
213 aa  65.1  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  31.54 
 
 
210 aa  65.1  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  24.69 
 
 
241 aa  65.1  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  29.41 
 
 
206 aa  65.1  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  26.37 
 
 
217 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  31.36 
 
 
208 aa  64.3  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  29.67 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  27.32 
 
 
209 aa  63.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  29.67 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  29.67 
 
 
228 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  25.44 
 
 
228 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  23.35 
 
 
238 aa  63.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  26.78 
 
 
217 aa  63.2  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  28.92 
 
 
219 aa  63.5  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  32.8 
 
 
206 aa  63.2  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  31.16 
 
 
215 aa  62.8  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  32.37 
 
 
212 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2394  16S rRNA methyltransferase GidB  23.78 
 
 
222 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  28.39 
 
 
218 aa  62.8  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  31.16 
 
 
212 aa  62.4  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  30.07 
 
 
212 aa  62.4  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  31.52 
 
 
225 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  31.03 
 
 
228 aa  62  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  28.25 
 
 
216 aa  62  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  26.63 
 
 
212 aa  62  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  26.73 
 
 
210 aa  62  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  28.1 
 
 
208 aa  62  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  29.32 
 
 
236 aa  62  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  25.7 
 
 
239 aa  62  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1629  16S rRNA methyltransferase GidB  26.57 
 
 
237 aa  61.2  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0438642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>