More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1318 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1318  methyltransferase GidB  100 
 
 
219 aa  441  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0582047 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1605  glucose inhibited division protein  47.29 
 
 
214 aa  179  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  46.27 
 
 
218 aa  155  4e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2293  methyltransferase GidB  38.36 
 
 
229 aa  154  8e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0745  glucose inhibited division protein  42.5 
 
 
232 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0848  glucose inhibited division protein  43.6 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0186539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  32.95 
 
 
222 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5179  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  85.5  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 
223 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5633  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5335  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5163  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5732  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5592  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000593206 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5326  16S rRNA methyltransferase GidB  30.34 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149242 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5609  16S rRNA methyltransferase GidB  30.34 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5669  16S rRNA methyltransferase GidB  30.9 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  32.76 
 
 
222 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  30.29 
 
 
214 aa  83.2  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5275  16S rRNA methyltransferase GidB  30.34 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  31.74 
 
 
218 aa  82.4  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  29.1 
 
 
237 aa  82.4  0.000000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2601  methyltransferase GidB  36.09 
 
 
220 aa  82  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2394  16S rRNA methyltransferase GidB  31.25 
 
 
222 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1629  16S rRNA methyltransferase GidB  29.59 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0438642  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  30.34 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1822  16S rRNA methyltransferase GidB  28.8 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  29.88 
 
 
242 aa  77  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  34.32 
 
 
227 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  35.46 
 
 
223 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  31.32 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  33.12 
 
 
237 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  32.56 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  28.49 
 
 
238 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0318  16S rRNA methyltransferase GidB  30.73 
 
 
228 aa  75.5  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.309267  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  29.41 
 
 
241 aa  75.1  0.0000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  32.24 
 
 
206 aa  75.1  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  28.99 
 
 
231 aa  75.1  0.0000000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  30.94 
 
 
211 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  29.3 
 
 
214 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  35.92 
 
 
214 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  24.72 
 
 
201 aa  74.7  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  28.9 
 
 
207 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  32.52 
 
 
225 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  27.01 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  27.01 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  33.8 
 
 
215 aa  73.6  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  30.3 
 
 
207 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  32.12 
 
 
219 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  33.12 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  32.62 
 
 
240 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  30.13 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  32.24 
 
 
214 aa  72.8  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  29.49 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  29.49 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  29.78 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  29.7 
 
 
207 aa  72.4  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  29.7 
 
 
207 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  29.7 
 
 
207 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0895  methyltransferase GidB  28.57 
 
 
202 aa  72  0.000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  28.57 
 
 
262 aa  71.6  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  29.7 
 
 
207 aa  72  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  27.27 
 
 
239 aa  71.6  0.000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1931  methyltransferase GidB  28.29 
 
 
205 aa  71.6  0.000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  27.75 
 
 
209 aa  71.6  0.000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  25.87 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  29.49 
 
 
216 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  33.14 
 
 
227 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  30.12 
 
 
211 aa  71.2  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  35.29 
 
 
193 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2035  16S rRNA methyltransferase GidB  31.18 
 
 
221 aa  70.5  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00382628  normal  0.306355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  31.45 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  33.59 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2817  methyltransferase GidB  35.25 
 
 
221 aa  69.3  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.279584 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  27.59 
 
 
212 aa  69.3  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3213  methyltransferase GidB  35.25 
 
 
221 aa  69.3  0.00000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  31.45 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  31.45 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_682  methyltransferase  30.41 
 
 
235 aa  69.3  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  26.37 
 
 
238 aa  69.3  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  30.43 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0209  16S rRNA methyltransferase GidB  30.17 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.444443  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  30.73 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6920  methyltransferase GidB  27.86 
 
 
207 aa  68.9  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.884506 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 
213 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  31.21 
 
 
212 aa  68.6  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  32.75 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  32.75 
 
 
232 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  32.75 
 
 
232 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  28.34 
 
 
206 aa  68.6  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  28.48 
 
 
207 aa  68.6  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0345  16S rRNA methyltransferase GidB  26.09 
 
 
239 aa  68.6  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  29.12 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>