More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1770 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  76.24 
 
 		 304 aa  479  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  76.41 
 
 		 329 aa  476  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  71.38 
 
 		 304 aa  435  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 304 aa  429  1e-119  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  65.77 
 
 		 305 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 		 306 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  65.44 
 
 		 347 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 305 aa  323  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 305 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  50.5 
 
 		 308 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.17 
 
 		 308 aa  319  3e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  51.69 
 
 		 309 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  51.35 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  52.03 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 312 aa  287  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 310 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 310 aa  279  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 302 aa  271  7e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.58 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 222 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  30.7 
 
 		 305 aa  99.4  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 302 aa  97.1  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  29.18 
 
 		 309 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  26.53 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 292 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  23.72 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  26.34 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 324 aa  90.5  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  23.42 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 296 aa  90.1  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  23.32 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 296 aa  87.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 296 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  26.97 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  26.86 
 
 		 294 aa  86.3  5e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.46 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  28.46 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 312 aa  85.9  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 299 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.87 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  26.56 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 327 aa  83.2  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02580  transcriptional regulator  27 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  26.27 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.04 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  24.52 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  21.27 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  27.53 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>