138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1314 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 
78 aa  156  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1790  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.53 
 
 
68 aa  106  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370584  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.84 
 
 
70 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.84 
 
 
70 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.52 
 
 
70 aa  73.2  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 
75 aa  67.8  0.00000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.47 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 
63 aa  66.6  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3893  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.06 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00496166  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1036  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.21 
 
 
77 aa  62  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1596  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.48 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0138597  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2879  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40 
 
 
82 aa  57  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000467592  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.88 
 
 
70 aa  57  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.45 
 
 
123 aa  54.3  0.0000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.89 
 
 
70 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.54 
 
 
70 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.16 
 
 
66 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.67 
 
 
141 aa  52  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3721  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3611  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3629  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4008  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3918  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0905108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.5 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.67 
 
 
70 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000729325 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.67 
 
 
67 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  41.38 
 
 
86 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.86 
 
 
87 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.89 
 
 
74 aa  50.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.66 
 
 
107 aa  50.4  0.000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.62 
 
 
106 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.33 
 
 
70 aa  50.1  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3693  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.28 
 
 
70 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0759  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  47.37 
 
 
72 aa  49.3  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000147732  hitchhiker  0.00000778413 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2157  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.17 
 
 
117 aa  48.9  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1397  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.3 
 
 
104 aa  48.5  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.18 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.48 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1712  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  48.48 
 
 
70 aa  47.8  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.304184  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  41.67 
 
 
90 aa  47.8  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.71 
 
 
94 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.14 
 
 
146 aa  47.8  0.00005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 
90 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1059  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.08 
 
 
65 aa  47.8  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000066129  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.04 
 
 
107 aa  47.4  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.67 
 
 
72 aa  47  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.78 
 
 
87 aa  47  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
87 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0314  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.66 
 
 
104 aa  46.2  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0476821  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.33 
 
 
70 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.33 
 
 
90 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0961  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.37 
 
 
62 aa  46.6  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0127007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.84 
 
 
86 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.33 
 
 
91 aa  46.2  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.62 
 
 
151 aa  46.2  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.96 
 
 
86 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.21 
 
 
91 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.67 
 
 
95 aa  45.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.83 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.33 
 
 
99 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.78 
 
 
87 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.24 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3590  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.92 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.24 
 
 
91 aa  44.7  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.24 
 
 
110 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35 
 
 
80 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
110 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.11 
 
 
87 aa  45.1  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.76 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3657  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.92 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.284289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3731  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.92 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2094  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  36.99 
 
 
102 aa  44.7  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.490083  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.07 
 
 
74 aa  44.7  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  31.94 
 
 
94 aa  44.7  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  39.34 
 
 
69 aa  44.3  0.0006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968364  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.93 
 
 
121 aa  43.9  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  36.21 
 
 
87 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.51 
 
 
92 aa  43.9  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  38.33 
 
 
67 aa  43.5  0.0008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  38.33 
 
 
67 aa  43.5  0.0008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.35 
 
 
87 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.66 
 
 
66 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.35 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42 
 
 
90 aa  43.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  31.51 
 
 
88 aa  43.5  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.14 
 
 
86 aa  43.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  31.88 
 
 
104 aa  43.5  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  31.88 
 
 
107 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.7 
 
 
69 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.72 
 
 
93 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.33 
 
 
97 aa  42.7  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>