57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1472 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 106 aa  211  1.9999999999999998e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.7 
 
 		 86 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.56 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.67 
 
 		 90 aa  60.8  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.68 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.35 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.55 
 
 		 84 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.05 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 		 90 aa  58.2  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.47 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.95 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 		 92 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.35 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 86 aa  55.1  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.25 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.3 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.25 
 
 		 87 aa  55.1  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 87 aa  54.7  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.48 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.53 
 
 		 88 aa  53.5  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.76 
 
 		 94 aa  53.5  0.0000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.25 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.61 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.48 
 
 		 95 aa  51.6  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.48 
 
 		 91 aa  50.4  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.27 
 
 		 107 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.27 
 
 		 104 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.39 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.39 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.62 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.39 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 68 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.48 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.45 
 
 		 88 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.28 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.58 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.29 
 
 		 120 aa  47  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.82 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  47.62 
 
 		 106 aa  44.7  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.82 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2879  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.94 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000467592  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.83 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  32.86 
 
 		 63 aa  42.4  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.27 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.27 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1596  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.5 
 
 		 69 aa  41.6  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0138597  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.62 
 
 		 75 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  32 
 
 		 86 aa  42  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3893  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.5 
 
 		 68 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00496166  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.82 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2094  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  34.67 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.490083  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1320  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.21 
 
 		 108 aa  40.4  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.100199 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>