85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1317 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 		 90 aa  182  1.0000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.95 
 
 		 94 aa  152  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.56 
 
 		 90 aa  148  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.65 
 
 		 94 aa  139  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.07 
 
 		 88 aa  138  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.56 
 
 		 97 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.31 
 
 		 88 aa  134  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.27 
 
 		 120 aa  134  3.0000000000000003e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.14 
 
 		 151 aa  134  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.16 
 
 		 88 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.58 
 
 		 87 aa  131  3.9999999999999996e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.01 
 
 		 88 aa  131  3.9999999999999996e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  75.86 
 
 		 106 aa  130  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.75 
 
 		 141 aa  129  9e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.56 
 
 		 87 aa  129  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.7 
 
 		 110 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.26 
 
 		 88 aa  123  9e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.26 
 
 		 93 aa  123  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.64 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.77 
 
 		 87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.77 
 
 		 88 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65.88 
 
 		 94 aa  117  7e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.07 
 
 		 92 aa  115  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.59 
 
 		 110 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.42 
 
 		 99 aa  114  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.51 
 
 		 84 aa  114  5e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.25 
 
 		 91 aa  114  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.53 
 
 		 94 aa  114  6e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.06 
 
 		 107 aa  113  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.06 
 
 		 107 aa  113  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.06 
 
 		 107 aa  113  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.86 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.15 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.15 
 
 		 104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.46 
 
 		 91 aa  110  6e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.61 
 
 		 95 aa  108  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.83 
 
 		 86 aa  107  6e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.5 
 
 		 86 aa  107  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48 
 
 		 86 aa  67.8  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.59 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.59 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.18 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.84 
 
 		 86 aa  47  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.84 
 
 		 86 aa  47  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.71 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.73 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.18 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.49 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.14 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  37.88 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  37.88 
 
 		 67 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.76 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.88 
 
 		 70 aa  43.9  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000729325 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4008  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3918  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0905108  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3721  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3611  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3629  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.54 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  32.91 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3893  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.46 
 
 		 68 aa  41.6  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00496166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.21 
 
 		 75 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.29 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 		 93 aa  41.2  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.29 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.78 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.78 
 
 		 94 aa  41.2  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.29 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3693  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.29 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.43 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  36.51 
 
 		 87 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 88 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 88 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>