54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1701 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 75 aa  154  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.35 
 
 		 68 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1596  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.17 
 
 		 69 aa  70.9  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0138597  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 		 78 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.67 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3893  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.17 
 
 		 68 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00496166  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1790  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.06 
 
 		 68 aa  60.1  0.000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370584  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.03 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2157  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.15 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1059  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.73 
 
 		 65 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000066129  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.03 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1036  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.73 
 
 		 77 aa  50.4  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3693  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.91 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.71 
 
 		 63 aa  48.9  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.94 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4008  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000729325 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3629  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3611  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3721  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3918  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.15 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0905108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.09 
 
 		 70 aa  47.4  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.19 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.19 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.62 
 
 		 70 aa  47  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0777  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.62 
 
 		 70 aa  47  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0759  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  46.77 
 
 		 72 aa  47  0.00009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000147732  hitchhiker  0.00000778413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.96 
 
 		 87 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.62 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.84 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0314  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.07 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0476821  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1294  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.26 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1269  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.26 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.78398  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1397  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.07 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1712  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  43.08 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.304184  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0961  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.7 
 
 		 62 aa  45.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0127007  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.27 
 
 		 71 aa  43.9  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.73 
 
 		 88 aa  43.9  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.53 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.11 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  39.66 
 
 		 87 aa  42.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.24 
 
 		 90 aa  42  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.78 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.21 
 
 		 90 aa  42  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.62 
 
 		 106 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.21 
 
 		 151 aa  41.2  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.03 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.33 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.36 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.11 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.08 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1442  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35 
 
 		 67 aa  40  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.437409  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.84 
 
 		 68 aa  40  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>