53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4161 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 
95 aa  187  5e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.79 
 
 
92 aa  136  1e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  85.71 
 
 
91 aa  132  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.82 
 
 
87 aa  131  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.12 
 
 
110 aa  128  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  80.52 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  80.52 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  80.52 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.86 
 
 
104 aa  124  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.22 
 
 
107 aa  124  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.92 
 
 
99 aa  124  5e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.92 
 
 
91 aa  121  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.17 
 
 
88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.17 
 
 
88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.75 
 
 
110 aa  118  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.33 
 
 
87 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.43 
 
 
151 aa  117  7e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75 
 
 
90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.08 
 
 
94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  68.67 
 
 
88 aa  114  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.25 
 
 
94 aa  113  8.999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.38 
 
 
88 aa  111  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.32 
 
 
97 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.39 
 
 
88 aa  110  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.61 
 
 
90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.78 
 
 
93 aa  108  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  76.06 
 
 
106 aa  108  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65.48 
 
 
141 aa  106  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.25 
 
 
84 aa  106  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.97 
 
 
88 aa  103  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.67 
 
 
88 aa  103  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.11 
 
 
146 aa  102  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.64 
 
 
94 aa  102  2e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.83 
 
 
87 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.27 
 
 
86 aa  100  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.34 
 
 
94 aa  100  6e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  68.92 
 
 
86 aa  99.4  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.33 
 
 
120 aa  96.7  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.67 
 
 
94 aa  68.2  0.00000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.33 
 
 
86 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.48 
 
 
106 aa  52  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0759  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  43.06 
 
 
72 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000147732  hitchhiker  0.00000778413 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.99 
 
 
70 aa  44.7  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.99 
 
 
70 aa  44.7  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.19 
 
 
70 aa  43.9  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.9 
 
 
67 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.5 
 
 
70 aa  42.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.24 
 
 
71 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.82 
 
 
107 aa  41.2  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1790  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  30.56 
 
 
68 aa  41.2  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370584  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.12 
 
 
66 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  31.88 
 
 
78 aa  40.4  0.007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.11 
 
 
75 aa  40  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>