62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3126 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 87 aa  175  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.72 
 
 		 88 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.72 
 
 		 88 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.13 
 
 		 94 aa  135  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.86 
 
 		 90 aa  133  7.000000000000001e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.93 
 
 		 151 aa  133  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.78 
 
 		 88 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75.86 
 
 		 88 aa  130  5e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  80.25 
 
 		 110 aa  130  6.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.75 
 
 		 92 aa  129  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.56 
 
 		 90 aa  129  9e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  83.12 
 
 		 95 aa  128  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.78 
 
 		 87 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.54 
 
 		 94 aa  128  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.54 
 
 		 88 aa  128  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.7 
 
 		 97 aa  127  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.12 
 
 		 93 aa  126  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.94 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.94 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.94 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.49 
 
 		 91 aa  125  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  73.81 
 
 		 106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.62 
 
 		 91 aa  124  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.12 
 
 		 110 aa  124  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.07 
 
 		 120 aa  122  2e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  68.13 
 
 		 99 aa  122  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.68 
 
 		 104 aa  120  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.68 
 
 		 107 aa  121  4e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.92 
 
 		 84 aa  120  8e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.26 
 
 		 88 aa  119  9e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.84 
 
 		 88 aa  120  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65.52 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.07 
 
 		 87 aa  119  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.67 
 
 		 86 aa  118  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.67 
 
 		 86 aa  118  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.45 
 
 		 146 aa  117  3.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.53 
 
 		 94 aa  116  7.999999999999999e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.35 
 
 		 94 aa  116  9e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.44 
 
 		 94 aa  68.6  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.42 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.66 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.66 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.78 
 
 		 78 aa  47  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.5 
 
 		 70 aa  45.4  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.71 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.11 
 
 		 75 aa  43.5  0.0009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.04 
 
 		 70 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  32.91 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.88 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.67 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.49 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.39 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.39 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36 
 
 		 70 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  36.36 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  36.36 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.11 
 
 		 63 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.85 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0759  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  56.25 
 
 		 72 aa  40  0.01  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000147732  hitchhiker  0.00000778413 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.82 
 
 		 70 aa  40  0.01  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>