180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1718 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
70 aa  141  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
70 aa  141  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.84 
 
 
78 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.54 
 
 
70 aa  67.8  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1790  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 
68 aa  67.4  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370584  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.67 
 
 
63 aa  60.1  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2879  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.62 
 
 
82 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000467592  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.55 
 
 
87 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.45 
 
 
74 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.88 
 
 
107 aa  55.5  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1036  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.62 
 
 
77 aa  55.1  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.46 
 
 
107 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.59 
 
 
90 aa  53.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3844  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.29 
 
 
68 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.68 
 
 
91 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.98 
 
 
123 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.71 
 
 
80 aa  51.6  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.89 
 
 
94 aa  51.2  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.44 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.56 
 
 
92 aa  50.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  40 
 
 
67 aa  50.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  37.66 
 
 
87 aa  50.8  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.67 
 
 
70 aa  50.8  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.36 
 
 
90 aa  50.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3893  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.92 
 
 
68 aa  50.4  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00496166  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.79 
 
 
70 aa  50.4  0.000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.33 
 
 
87 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1397  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.28 
 
 
104 aa  49.7  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.94 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.07 
 
 
87 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.86 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0961  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.34 
 
 
62 aa  48.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0127007  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.36 
 
 
67 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.07 
 
 
87 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.86 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.07 
 
 
87 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.62 
 
 
68 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.33 
 
 
95 aa  48.9  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  43.28 
 
 
141 aa  48.9  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.03 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3590  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.67 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.34 
 
 
87 aa  48.5  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
92 aa  48.9  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3731  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.67 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.56 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3657  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.67 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.284289  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.34 
 
 
87 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.34 
 
 
87 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.03 
 
 
94 aa  47.8  0.00006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1596  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.32 
 
 
69 aa  47.4  0.00006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0138597  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.67 
 
 
90 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2400  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.67 
 
 
70 aa  47.4  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0782645  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1701  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.19 
 
 
75 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.71 
 
 
87 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.96 
 
 
91 aa  47  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.3 
 
 
146 aa  47  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.66 
 
 
93 aa  46.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.86 
 
 
90 aa  46.6  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.26 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.9 
 
 
87 aa  46.2  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  36.67 
 
 
90 aa  47  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.26 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  38.98 
 
 
87 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.26 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.33 
 
 
69 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.26 
 
 
99 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
90 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0314  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  44.83 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0476821  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.44 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  35.59 
 
 
86 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  34.33 
 
 
69 aa  46.2  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968364  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.67 
 
 
151 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.46 
 
 
114 aa  46.2  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.03 
 
 
86 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.31 
 
 
70 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.9 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
90 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.33 
 
 
74 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.24 
 
 
87 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36 
 
 
94 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.9 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.07 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 
92 aa  45.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 
88 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1712  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  43.55 
 
 
70 aa  45.4  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.304184  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.85 
 
 
119 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.96 
 
 
91 aa  45.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>