67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_18040 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 		 94 aa  191  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.95 
 
 		 90 aa  152  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.88 
 
 		 90 aa  150  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  87.65 
 
 		 88 aa  146  8e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.61 
 
 		 88 aa  143  6e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.4 
 
 		 97 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.16 
 
 		 87 aa  138  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.4 
 
 		 94 aa  133  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.71 
 
 		 88 aa  133  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.59 
 
 		 88 aa  131  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.27 
 
 		 151 aa  130  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.83 
 
 		 93 aa  129  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.26 
 
 		 120 aa  128  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.54 
 
 		 87 aa  128  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.25 
 
 		 141 aa  127  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  77.5 
 
 		 106 aa  124  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.77 
 
 		 110 aa  123  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.77 
 
 		 87 aa  121  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.51 
 
 		 94 aa  119  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  68.6 
 
 		 88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.44 
 
 		 88 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.6 
 
 		 88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.42 
 
 		 110 aa  117  7e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.6 
 
 		 86 aa  117  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.43 
 
 		 86 aa  116  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.06 
 
 		 146 aa  115  9.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.71 
 
 		 99 aa  115  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.71 
 
 		 107 aa  115  3e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.67 
 
 		 92 aa  115  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  76.71 
 
 		 104 aa  114  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.89 
 
 		 107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.89 
 
 		 107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.89 
 
 		 107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  70.13 
 
 		 84 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.39 
 
 		 95 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.6 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.65 
 
 		 91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50 
 
 		 86 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.56 
 
 		 106 aa  64.7  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.1 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.1 
 
 		 86 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.99 
 
 		 86 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.03 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.03 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.21 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.39 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  31.94 
 
 		 78 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.24 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1230  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  27.84 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.763908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.36 
 
 		 70 aa  43.5  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.29 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.33 
 
 		 71 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  34.72 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0759  DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega  37.33 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000147732  hitchhiker  0.00000778413 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 		 88 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 		 88 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.24 
 
 		 68 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1320  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.96 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.100199 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  62.96 
 
 		 66 aa  40.4  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  33.8 
 
 		 63 aa  40.8  0.007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.86 
 
 		 87 aa  40.8  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  31.94 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  31.94 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.71 
 
 		 67 aa  40.4  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>