84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5237 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 92 aa  184  5e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  87.78 
 
 		 91 aa  154  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.73 
 
 		 99 aa  142  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  87.5 
 
 		 110 aa  142  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.75 
 
 		 107 aa  137  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.75 
 
 		 107 aa  137  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.75 
 
 		 107 aa  137  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.5 
 
 		 107 aa  137  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  82.5 
 
 		 104 aa  137  7e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.79 
 
 		 95 aa  132  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.73 
 
 		 91 aa  132  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  78.75 
 
 		 87 aa  129  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75 
 
 		 88 aa  128  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  75 
 
 		 88 aa  128  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.93 
 
 		 87 aa  123  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.48 
 
 		 151 aa  121  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.21 
 
 		 94 aa  120  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.5 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.67 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.33 
 
 		 90 aa  118  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76 
 
 		 88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.07 
 
 		 90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.67 
 
 		 94 aa  115  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.5 
 
 		 141 aa  114  3.9999999999999997e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.32 
 
 		 88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.84 
 
 		 84 aa  114  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.08 
 
 		 93 aa  114  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.17 
 
 		 88 aa  113  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  76 
 
 		 106 aa  112  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.25 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.25 
 
 		 94 aa  111  3e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.39 
 
 		 146 aa  110  6e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.61 
 
 		 110 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75 
 
 		 87 aa  109  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72 
 
 		 120 aa  106  9.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  69.74 
 
 		 97 aa  106  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.5 
 
 		 86 aa  104  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.25 
 
 		 86 aa  102  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.11 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.37 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.56 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.56 
 
 		 70 aa  50.8  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.28 
 
 		 63 aa  47.4  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.47 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.94 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.51 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.86 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.86 
 
 		 86 aa  43.9  0.0008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.62 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0844  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.62 
 
 		 71 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.27 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.54 
 
 		 70 aa  42.7  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.27 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.71 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.31 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.19 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.38 
 
 		 94 aa  42  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.42 
 
 		 90 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.54 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000590702 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.24 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192239  hitchhiker  0.00377511 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.1 
 
 		 123 aa  41.2  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.85 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.35 
 
 		 92 aa  40.8  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.76 
 
 		 107 aa  40.4  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.27 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1456  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.82 
 
 		 90 aa  40.4  0.007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.85 
 
 		 94 aa  40  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.85 
 
 		 94 aa  40  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.85 
 
 		 93 aa  40  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  41.27 
 
 		 67 aa  40  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  41.27 
 
 		 67 aa  40  0.01  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>