63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1694 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 94 aa  187  5.999999999999999e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.25 
 
 		 151 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.72 
 
 		 94 aa  75.1  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.34 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.35 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.15 
 
 		 94 aa  73.2  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.7 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.7 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.7 
 
 		 93 aa  72.4  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.11 
 
 		 92 aa  71.6  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.11 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.43 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 		 110 aa  70.5  0.000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  46.15 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.11 
 
 		 91 aa  69.7  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.12 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 		 88 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.3 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.44 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.78 
 
 		 110 aa  68.2  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.14 
 
 		 99 aa  67.8  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.41 
 
 		 95 aa  67.8  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.14 
 
 		 104 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.14 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.14 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.58 
 
 		 88 aa  65.5  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.07 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  45.07 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  44.16 
 
 		 88 aa  64.3  0.0000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  46.48 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 86 aa  63.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.14 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  41.1 
 
 		 87 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  44.87 
 
 		 106 aa  61.6  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 86 aa  61.2  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.07 
 
 		 86 aa  60.8  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.25 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.76 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07790  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.84 
 
 		 86 aa  46.6  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.343495  normal  0.692995 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0777  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.26 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.5 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.5 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.25 
 
 		 87 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.62 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  36.11 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.62 
 
 		 86 aa  43.9  0.0007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  36.25 
 
 		 87 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  36.11 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.21 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1269  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.18 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.78398  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1294  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  37.18 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1760  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1659  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.53 
 
 		 86 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00146149  hitchhiker  0.000405802 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  33.33 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.5 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.5 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.21 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  36.23 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.71 
 
 		 70 aa  40.4  0.009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  32.94 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>