63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_15630 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_15630  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 		 91 aa  180  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0942363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  87.78 
 
 		 92 aa  154  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11419  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  89.61 
 
 		 110 aa  139  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375558  normal  0.301276 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2346  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75.82 
 
 		 99 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.992744  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3739  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.42 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0667071 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2412  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  85.71 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2371  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  85.71 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0664219  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2418  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  85.71 
 
 		 107 aa  135  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.380548 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2668  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.42 
 
 		 104 aa  134  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  85.71 
 
 		 95 aa  131  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.151933  normal  0.359899 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2577  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.01 
 
 		 91 aa  130  6.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0712081  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3126  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.49 
 
 		 87 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.94 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.620348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1855  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.94 
 
 		 88 aa  122  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.635953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1292  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.72 
 
 		 87 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.336448  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3194  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  81.33 
 
 		 151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0239172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1714  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.22 
 
 		 94 aa  117  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.770422  hitchhiker  0.00730619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  83.33 
 
 		 88 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2991  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.78 
 
 		 88 aa  114  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.629486 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2043  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  79.17 
 
 		 90 aa  112  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.529768  decreased coverage  0.00243953 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3096  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  79.17 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.61729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1851  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.46 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0262472  normal  0.353337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3158  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  80.28 
 
 		 106 aa  112  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.281429  hitchhiker  0.0000123273 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12540  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  74.67 
 
 		 146 aa  111  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.492857  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1317  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.46 
 
 		 90 aa  110  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.287217  normal  0.237798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3006  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  77.63 
 
 		 84 aa  110  9e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000974881  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5344  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  77.78 
 
 		 93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.552844 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1361  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  76.71 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.465047  normal  0.0594438 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2437  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75 
 
 		 110 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.65 
 
 		 94 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0135387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.32 
 
 		 120 aa  108  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0436889  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12730  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  72.37 
 
 		 141 aa  108  4.0000000000000004e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0393842  normal  0.0422881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2814  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  73.61 
 
 		 87 aa  106  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.609648 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1995  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.43 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000371451 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2258  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.43 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.188504  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1716  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.62 
 
 		 97 aa  104  4e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0914  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.94 
 
 		 94 aa  103  8e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1964  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.1 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.574047  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1694  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.11 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3210  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.1 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.150849  normal  0.152706 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1472  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  49.3 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.111118  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1317  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.47 
 
 		 66 aa  47  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.841316  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1330  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  40.28 
 
 		 63 aa  46.2  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000123249  normal  0.453103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1274  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.54 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.356082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2000  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.96 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1718  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  38.96 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1314  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.24 
 
 		 78 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.519815  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2522  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  41.89 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.96468  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3969  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  40.54 
 
 		 70 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0474832  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.68 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.68 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3884  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000729325 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3918  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0905108  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3721  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4008  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3629  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3611  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  39.19 
 
 		 70 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1676  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  42.19 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0892  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  34.62 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000744329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3693  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  35.14 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1175  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.9 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347215  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0111  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  38.46 
 
 		 65 aa  40.8  0.006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09820  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  39.19 
 
 		 70 aa  40  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>